[发明专利]从生物样品中选择性捕获和扩增外显子或靶标基因组区域的方法

权利要求书

1.一种从生物样品中选择性捕获和/或扩增外显子或靶标基因组区域的方法，包括以下步骤：

a)获得针对靶标基因组区域的DNA模板；

b)将DNA模板克隆进入克隆载体以形成模板DNA克隆；

c)构建至少包括靶标基因组区域的模板DNA克隆库；

d)从库中的DNA模板克隆产生杂交探针；

e)通过靶标基因组DNA片段与所产生的杂交探针的杂交捕获靶标基因组DNA区域；和

f)通过使用将结合的DNA从杂交探针上释放的条件洗脱捕获的基因组区域。

2.根据权利要求1所述的方法，其中从来自生物样品的总RNA或mRNA通过逆转录获得DNA模板。

3.根据权利要求1所述的方法，其中通过进行多重聚合酶链反应(PCR)或通过基因合成获得DNA模板。

4.根据权利要求1所述的方法，其中针对预先确定的线粒体DNA片段或全长的线粒体DNA产生DNA模板。

5.根据权利要求1所述的方法，其中克隆步骤包括将DNA模板连接进入克隆载体或质粒的步骤。

6.根据权利要求1所述的方法，其中取决于起始RNA材料，模板DNA探针的克隆库代表生物样品表达的基因的全长RNA、开放读码框RNA或部分长度的cDNA。

7.根据权利要求1所述的方法，其中当通过多重PCR或基因合成扩增内含子区域时，模板DNA克隆库代表目标内含子区域。

8.根据权利要求1所述的方法，其中通过cDNA逆转录或PCR反应制备的库中的模板DNA克隆用于捕获生物样品的外显子；其中通过多重PCR扩增内含子区域制备的库中的模板DNA克隆用于捕获生物样品的内含子区域；其中从线粒体DNA制备的库中的模板DNA克隆用于捕获生物样品的线粒体DNA

9.根据权利要求1所述的方法，其中库中的模板DNA克隆按照自动化系统可以操作的形式进行组织。

10.根据权利要求1所述的方法，其中模板DNA克隆的信息储存在计算机化数据库中，该信息至少包括身份、序列构象、产生日期和每个克隆的位置。

11.根据权利要求1所述的方法，其中构建步骤包括以下步骤：

a)检验库中的模板DNA克隆的质量和完整性；和

b)监视并保持库中的模板DNA克隆的质量以长期使用。

12.根据权利要求11所述的方法，其中检验步骤包括以下步骤：

a)确认库中每个克隆的DNA序列；和

b)将克隆的DNA序列与生物样品的靶标基因或靶标基因组区域的参考DNA序列进行比较从而检测库中的克隆的完整性。

13.根据权利要求1所述的方法，其中使用限制性酶将模板DNA片段/探针从克隆载体或质粒中消化出来，从而释放克隆载体或质粒中携带的DNA片段，由此产生杂交探针。

14.根据权利要求1所述的方法，其中使用克隆载体或质粒的多个克隆位点上包含的通用引物对序列通过PCR扩增产生杂交探针。

15.根据权利要求1所述的方法，其中通过直接使用克隆载体或质粒产生杂交探针而不将模板探针通过酶式方法切割出来或通过PCR扩增DNA片段。

16.根据权利要求1所述的方法，其中从模板DNA克隆通过体外转录产生探针。

17.根据权利要求1所述的方法，其中通过库中的模板DNA的体外逆转录获得基因的cDNA或cRNA，从而产生杂交探针。

18.根据权利要求1所述的方法，其中捕获步骤包括将杂交探针固定于固体支持材料的表面或将杂交探针混合于溶液中的步骤。

19.根据权利要求18所述的方法，其中条件包括温度的变化，盐溶液的变化或溶液pH的变化。

20.一种从生物样品中选择性捕获和/或扩增靶标基因组区域的方法，包括以下步骤：

a)提供至少包括靶标基因组区域的模板DNA克隆库；

b)从库中的DNA模板克隆产生杂交探针；和

c)通过靶标基因组DNA区域与所产生的杂交探针的杂交捕获靶标基因组DNA区域。