[发明专利]一种非模式生物microRNA预测的方法

说明书

技术领域

本发明专利属于生物技术领域，涉及一种非模式生物microRNA预测的方法

背景技术

MicroRNA(微小核糖核酸)是一种长度为19～25核苷酸单链的内源性非编码性小RNA。它主要通过与靶标基因3’非翻译区的完全或不完全配对，抑制其翻译，从而参与调控个体发育、细胞凋亡、增殖及分化等生命活动。在病理条件下，microRNA可通过调控其靶标基因及其参与的信号通路，影响肿瘤的发生和发展，发挥着类似于癌基因或抑癌基因的功能。实验表明在很多肿瘤中，一些类型的microRNA是高表达的，这些高表达的microRNA与肿瘤的侵入性、转移性等有一定的相关性。

模式生物是生物学家选定的，用于进行科学研究，以揭示某种普遍规律的生命现象的一类生物物种，他们都具有普遍代表性，能够代表生物界中的一大类群，且易于进行科学实验的操作，容易从事相关的生物学研究。早在人类基因组计划(HGP)启动时，模式生物的全基因组测序便被提到了人类生物学研究的进程中，随着HGP的完成，模式生物的全基因组也陆续获得，这大大的方便了模式生物的生物学研究，也使它们成为了生物学家们进行microRNA预测研究时青睐的物种。现在常见的模式生物有人、大鼠、小鼠、水稻、拟南芥等。然而生物物种是多种多样的，相对整个生物界来说，模式生物算是很少的了，随着人类生物领域科学研究的不断发展，人们不再满足于仅对于模式生物的microRNA预测，众多非模式生物的microRNA预测将会逐渐成为科学家们研究的焦点。想对于结构简单、基因组小的模式生物来说，大多数的非模式生物目前还难以取得其全基因组序列数据，这使得非模式生物的microRNA预测面临困难。

本发明专利为解决模式生物microRNA预测的问题，设计了一套实验方法，基于已有的、可靠性高的生物信息学分析预测软件，对一些非模式生物的已知基因序列综合分析，以达到预测其microRNA的目的。

发明内容

为了预测非模式生物microRNA，本发明专利设计了一套实验方法，其基本流程为：

步骤一、从网上下载相应非模式生物基因组序列

步骤二、剔除基因组内的重复序列

步骤三、从基因组中提取出发卡环结构

步骤四、筛选去除GC含量不合适及二级结构不稳定的发卡环

步骤五、对发卡环进行预测，提取与前体microRNA特征相似的发卡环

步骤六、去掉物种间保守性较差的环部序列，并与已知所有物种的成熟体microRNA比对，获取可能存在的microRNA。

步骤七、对预测结果进行统计分析。

附图说明

图1、本发明方法的实施流程图。

图2、本发明方法实例预测的19个被Blast到的涡虫(Schmidteamediterannea)microRNA。

具体实施方式

本发明方法将以非模式生物涡虫(Schmidtea mediterannea)的microRNA预测为例，讲述本方法具体实施的步骤：

1、从网上基因数据库下载目标物种的基因序列数据。本发明从Gene Center下载Schmidtea mediterannea的已知基因序列数据

(http://genome.wustl.edu/pub/organism/Invertebrates/Schmidtea_mediterannea/assembly/Schmidtea_mediterranea-3.1/output/supercontigs.fa.gz)

2、使用在线去重复工具repeatmasker

(http://www.repeatmasker.org/cgi-bin/WEBRepeatMasker)，导入Schmidteamediterannea的基因序列，选择默认参数执行，将基因组内重复序列剔除。

3、使用Srnaloop软件对上述去重复序列进行扫描，提取出发卡环结构的序列，参数设置为：-w 5-dw 3-2w-t 23-l 95-sm 0。参考文献Yonatan Grad et al.Computational and Experimental Identifcation of C.elegans microRNAs.MolecularCell，Vol.11，1253-1263，May，2003.