[发明专利]用于简易检测黑素瘤的方法和试剂

说明书

本发明公开了用于简易检测黑素瘤的方法和试剂，通过确定指示黑素瘤的特定基因的差异表达是否超过截止值而提供在活检组织中鉴定早期恶性黑素细胞的测定法。

发明背景

皮肤恶性黑素瘤是一种严重的健康问题，预计2008年美国将有至少62,000例侵袭性黑素瘤新病例，其中8,200例将死于该疾病。黑素瘤发病率持续增加，快于任何其他恶性肿瘤。另外，其为青年成人中最常见的癌症之一，并因而，在平均损失生命年数方面其为排名第二的一类癌症。

已显示某些蛋白质与黑素瘤及其转移相关。已经在免疫组织化学中使用这些蛋白质或它们的活性，以鉴定转移，这些蛋白质包括L1CAM(Thies等人，(2002)；Fogel等人，(2003))和S-100(Diego等人，(2003))。高密度微阵列已应用于同时监测生物样品中成千上万种基因的表达。研究导致鉴定了在良性和恶性病变中差异表达的基因，以及具有预后价值的基因。Luo等人，(2001)和Wang等人，(2004)。用含有可监测8,150种mRNA转录物表达的探针的微阵列进行了恶性黑素瘤的基因表达谱分析。Bittner等人，(2000)。这些研究者鉴定了若干种可能与恶性肿瘤行为相关的基因。在最近的工作中，比较了黑素瘤细胞系和正常黑素细胞系的基因表达谱，导致鉴定了在黑素瘤中差异表达的基因和受到调节的途径。Takeuchi等人，(2004)。另外，前列腺分化因子GDF15、粘附分子L1CAM和驱动蛋白样5、骨桥蛋白、组织蛋白酶B、钙粘蛋白3和早老蛋白2被鉴定为有希望的黑素瘤检测标志物(Talantov等人，(2005)；Wang等人，(2007))。

发明内容

本发明提供通过如下步骤鉴定黑素瘤的方法：获得组织样品；分析和测量样品中编码对应于SILV(me20m)(SEQ.ID NO：1-3)和酪氨酸(TYR)(SEQ.ID NO：4)的mRNA的基因的表达水平。TYR用作确认黑素细胞在受检样品中存在的归一化对照。本发明还提供通过如下步骤鉴定黑素瘤的方法：获得组织样品；并且分析和测量编码对应于GDF15或L1CAM中的一者或两者并且分别由引物/探针组SEQ.ID NO：5-7和8-10所识别的mRNA的基因在样品中的表达水平，其中高于预定截止值的基因表达指示存在黑素瘤。

本发明还提供通过如下步骤区分恶性黑素细胞和良性黑素细胞的方法：获得组织样品；并且分析和测量编码SILV的基因在样品中的表达水平，其中高于预定截止值的基因表达水平指示样品中存在黑素瘤。

本发明还提供通过如下步骤区分恶性黑素细胞和良性黑素细胞的方法：获得组织样品；并且分析和测量编码GDF15和L1CAM中的一者或两者并且由引物/探针组SEQ/ID NO.：5-7和8-10识别的基因在样品中的表达水平。高于预定截止值的基因表达水平指示样品中存在黑素瘤。

本发明还提供通过如下步骤确定患者治疗方案的方法：从患者获得组织样品；并且分析和测量编码SILV的基因在样品中的表达水平，其中高于预定截止水平的基因表达水平指示样品中存在黑素瘤。

本发明还提供通过如下步骤确定患者治疗方案的方法：从患者获得组织样品；并且分析和测量编码GDF15和L1CAM中的一者或两者并且由引物/探针组SEQ/ID NO.：5-7和8-10识别的基因在样品中的表达水平，其中高于预定截止水平的基因表达水平指示样品中存在黑素瘤。

最终的标志物是SILV，并且在本文中其被定义为编码任何变体、等位基因等的基因。SILV也被描述为黑素细胞蛋白17；PMEL17；前黑素体蛋白；PMEL；GP100；ME20；SI；SIL；D12S53E，并且由登录号NM_006928.3表示。本发明还提供用于进行分析以确定细胞样品中黑素瘤存在的试剂盒，其包含：核酸扩增和检测试剂。

本发明还提供了用于扩增和检测本发明方法所获得的PCR产物的引物/探针组。这些组包括如下序列：

SEQ.ID NO：1，SILV，正向引物，AGCTTATCATGCCTGGTCAA