[发明专利]一种检测黄牛SREBP1c基因单核苷酸多态性的方法无效
申请号: | 201010235173.3 | 申请日: | 2010-07-23 |
公开(公告)号: | CN101875977A | 公开(公告)日: | 2010-11-03 |
发明(设计)人: | 陈宏;黄永震;淮永涛;张宝;李转见;蓝贤勇;胡沈荣;雷初朝 | 申请(专利权)人: | 西北农林科技大学 |
主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68 |
代理公司: | 西安通大专利代理有限责任公司 61200 | 代理人: | 陆万寿 |
地址: | 712100 *** | 国省代码: | 陕西;61 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 检测 黄牛 srebp1c 基因 核苷酸 多态性 方法 | ||
技术领域
本发明属于生物技术领域,涉及基因单核苷酸多态性(SNP)的检测,特别涉及一种检测黄牛SREBP1c(固醇调节元件结合蛋白1c)基因单核苷酸多态性的方法。
背景技术
基因多态性是指不同物种或者同一物种内的不同个体间基因组序列的差异,这些差异是由于染色体中DNA等位基因中核苷酸改变引起,主要是包括碱基的替换、插入、缺失以及重复序列拷贝数的变化。
单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)是由美国麻省理工学院的人类基因组研究中心的学者Lander(1996)提出的一类遗传标记系统,就是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸(A/T/C/G)的替换而引起的多态性。它的变异形式有:颠换、转换、插入和缺失等,主要由单个碱基的转换或者颠换所引起。具有转换型的碱基变异的SNPs约占2/3。
根据基因组中单核苷酸多态性产生的位置,可分为以下3类:基因编码区单核苷酸多态性(Coding-region SNPs,cSNPs)、基因周边单核苷酸多态性(Perigenic SNPs,pSNPs)以及基因间单核苷酸多态性(Intergenic SNPs,iSNPs)。
研究表明,位于编码区内的cSNP比较少,由于它在遗传性疾病研究中却具有重要意义,因此,编码区内的cSNP的研究更受关注。基因编码区内的cSNP又可分为2种:一种是编码区内的同义cSNP(Synonymous cSNP),即SNP所致编码序列的改变并不会影响其所翻译的蛋白质中氨基酸序列的改变;另一种是编码区内的非同义cSNP(Non-Synonymous cSNP),即碱基序列的改变将导致编码氨基酸的改变,从而导致蛋白质中氨基酸序列的改变,可能最终影响到蛋白质的功能。
分子育种,即分子标记辅助选择育种(Molecular Mark-Assist Selection,MAS),该技术是借助DNA分子标记对遗传资源或育种材料进行选择,对畜禽的综合性状进行品种改良,它是利用现代分子生物学和传统遗传育种相结合的方法,进行新品种选育。在肉牛育种中,人们期望,通过对生长性状密切相关,并且与数量性状紧密连锁的DNA标记的选择,达到早期选种和提高育种值准确性的目的,从而在畜禽育种中获得更大的遗传进展。
分子遗传标记辅助选择就是将现代生物技术与常规选择方法相结合,通过对遗传标记的选择来间接选择控制某性状的数量性状位点(QTL),使之能够同时利用标记位点信息和数量性状的表型信息,更准确估计动物个体的育种值,提高选择效率,加快育种进展。标记辅助选择主要经历了三个阶段:第一阶段是家畜各性状间的遗传分析;第二阶段是蛋白质(酶)标记对数量性状的标记阶段;第三个阶段是分子遗传标记阶段。随着分子标记技术日渐成熟与丰富,使覆盖整个基因组的标记成为可能,通过与QTL间的连锁分析,实现分子标记辅助选择的目标。单核苷酸多态性(single nucleotidepolymorphism,SNP)作为新的遗传标记已广泛应用于基因定位、克隆、遗传育种及多样性的研究。
固醇调节元件结合蛋白(Sterol Regulatory Element Binding Proteins,SREBPs)基因家族由于mRNA的剪接方式不同,而产生功能相同但是结构不同的3种蛋白质:SREBP-1a、SREBP-2(SREBP-1b)和SREBP-1c。SREBP-1a和SREBP-1c是由同一个基因产生的,但是由于因为其第一外显子不同,导致各自的启动子不同而产生不同位置的转录(Exon 1a和Exon 1c)。
在SREBPs家族中,SREBP-1a和SREBP-1c是主要的存在形式,SREBP-1c又称为脂肪细胞决定和分化因子。SREBP-1a和SREBP-1c主要调节脂肪酸代谢相关的酶,SREBP-1c的作用主要集中在脂质合成和葡萄糖代谢。牛的SREBP1c基因(GenBank:NC_007317)定位于第19号染色体上,其基因全长为17482bp,有21个外显子。
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