[发明专利]用于计算机上的疾病基因相关药物发掘系统

权利要求书

1.一种药物-蛋白连接图作图系统，该系统包括：

(a)至少一个与疾病相关的蛋白质的数据库，每个与疾病相关的蛋白数据库中存储与疾病相关的蛋白数据；

(b)至少一个药物数据库，每个药物数据库存储药物相关数据；

(c)一个连接作图组件，用于分析疾病相关的蛋白数据和药物数据，并输出药物-蛋白连接图。

2.如权利要求1中所述的系统，药物-蛋白连接图至少与一种特定的疾病关联。

3.如权利要求2中所述的系统，疾病相关的蛋白数据至少来自一种特异疾病的基因/蛋白数据库。

4.如权利要求1所述的系统，药物-蛋白连接图包括一个二维表格，其中的内容是与疾病相关的蛋白和药物。

5.如权利要求4所述的系统，每个与疾病相关的蛋白和药物之间的关联和/或非关联以关联度打分来表示；二维表格中包括有颜色和/或带阴影的标有关联度打分的表格单元。

6.如权利要求5所述的系统，关联度打分包括一个统计置信度打分，它表示文献中关于疾病相关蛋白和药物的研究情况。

7.如权利要求1所述的系统，疾病相关的蛋白数据和/或药物数据来自对医学研究文件的数据挖掘。

8.如权利要求1所述的系统，药物数据来自对一个或多个PubMed数据库的数据挖掘。

9.一种生成疾病相关的连接图的方法包括：

(a)从至少一个人类蛋白相互作用数据库中得到蛋白列表，该列表包含疾病相关的蛋白数据；

(b)一个药物列表，数据至少来自一个医学研究文献数据库；

(c)为每个可能的与疾病相关的蛋白-药物组合生成一个连接度打分；

(d)一个药物-蛋白连接图。该图基于，至少部分基于，连接度打分。药物-蛋白连接图包括一个二维矩阵，其中含有带颜色和/或带阴影的标有关联度打分的单元格。

10.如权利要求9所述的方法，对药物-蛋白连接图进行过滤，只输出与疾病相关的蛋白-药物组合，这些组合至少与一种特异的疾病有关联。

11.如权利要求9所述的方法，连接度打分是反映医学研究文献中与疾病相关的蛋白和药物研究状况的指标。

12.如权利要求9所述的方法，接受来自至少一种人类蛋白相互作用数据库的疾病相关的蛋白列表，包括接受来自受维护资源中与疾病相关的蛋白列表。

13.如权利要求9所述的方法，接受来自至少一种人类蛋白相互作用数据库的疾病相关的蛋白列表，包括接受来自与某种特异疾病有关的资源中与疾病相关的蛋白列表。

14.如权利要求9所述的方法，进一步包括：生成一个与疾病相关蛋白质的列表；并将该表转递请求方。

15.一种产生药物-蛋白的连接图的方法，该方法包括：

(a)生成一个与疾病相关的蛋白质列表，疾病相关蛋白列表包括来自至少一个人类蛋白质相互作用数据库的数据，疾病相关蛋白列表包括有关疾病相关的蛋白数据：

(b)生成一个药物列表，药物列表包括来自至少一个医学研究文献数据库的数据；

(c)为每个可能的疾病相关的蛋白-药物组合生成一个连接度打分；

(d)构建一个药物-蛋白连接图，该图基于，至少部分基于，连接度打分。药物-蛋白连接图包括一个二维矩阵，其中含有带颜色和/或带阴影的标有关联度打分的单元格。

16.提供一个Web服务器，用于完成上述一个或多个权利要求所述的方案。

17.提供一个说明文件，用于完成上述一个或多个权利要求所述的方案。

18.提供一个软件，该软件用来执行上述一个或多个权利要求所述的方案。

19.可对上述权利要求的技术方案进行组合使用。