[发明专利]基于茎区的核糖核酸二级结构的预测方法及装置

权利要求书

1.一种基于茎区的核糖核酸二级结构的预测方法，其特征在于，包括：

初始化步骤，定义碱基对数据、茎区数据和祖先茎区数据；

输入步骤，输入核糖核酸序列；

第一分量查找步骤，在所输入的核糖核酸序列中进行查找，以确定各种碱基对的第一分量在所输入的核糖核酸序列所处的第一位置，并将所确定的所述第一位置分别存储在所述碱基对数据中与各种碱基对相对应的元素的第一分量中；

第二分量查找步骤，在所输入的核糖核酸序列中进行查找，以确定各种碱基对的第二分量在所输入的核糖核酸序列所处的第二位置，并将所确定的所述第二位置分别存储在所述碱基对数据中与各种碱基对相对应的元素的第二分量中；

茎区搜索步骤，搜索在所述碱基对数据的各元素的第一分量和第二分量之间的核糖核酸序列中的所有茎区，将与所搜索到的与各茎区相对应的有关信息分别存储在所述茎区数据的各元素中，将与所搜索到的各祖先茎区有关的信息分别存储在所述祖先茎区数据的各元素中，其中所述所有茎区包含所搜索到的茎区的子茎区；

最大茎区确定步骤，根据所述茎区数据和所述祖先茎区数据来确定在所输入的核糖核酸序列中的最大茎区。

2.根据权利要求1所述的预测方法，其特征在于，

所述祖先茎区数据包括与各祖先茎区一一对应的各元素，所述祖先茎区数据的各元素用于存储相应祖先茎区所在家族的家族能量值和相应祖先茎区的位置信息。

3.根据权利要求1所述的预测方法，其特征在于，所述祖先茎区的位置信息是所述茎区数据中存储了与相应祖先茎区有关的信息的元素的位置或指向该位置的指针。

4.根据权利要求2所述的预测方法，其特征在于，所述最大茎区确定步骤将所述祖先茎区数据中家族能量值最小的祖先茎区确定为在所输入的核糖核酸序列中的最大茎区。

5.根据权利要求2所述的预测方法，其特征在于，在完成所述最大茎区确定步骤后，删除所述最大茎区，并返回所述输入步骤，以输入经删除所述最大茎区后剩余的核糖核酸序列，以确定在经删除所述最大茎区后剩余的核糖核酸序列中的最大茎区。

6.根据权利要求2所述的预测方法，其特征在于，在完成所述最大茎区确定步骤后，标识所述最大茎区，并返回所述输入步骤，以输入经标记所述最大茎区后的核糖核酸序列，并在后续步骤中不对所输入的核糖核酸序列中的已标记碱基对进行处理。

7.根据权利要求2所述的预测方法，其特征在于，所述祖先茎区数据的各元素存储了所述茎区数据中存储了与相应祖先茎区有关的信息的元素的位置。

8.根据权利要求5或6所述的预测方法，其特征在于，还包括：

茎区输出步骤，根据述茎区数据和所述祖先茎区数据，输出所有在所述茎区搜索步骤中搜索到的各茎区的累加能量值、碱基对数量、起始位置、结束位置。

9.一种基于茎区的核糖核酸二级结构的预测装置，其特征在于，包括：

初始化单元，其定义碱基对数据、茎区数据和祖先茎区数据；

输入单元，其输入核糖核酸序列；

第一分量查找单元，其在所输入的核糖核酸序列中进行查找，以确定各种碱基对的第一分量在所输入的核糖核酸序列所处的第一位置，并将所确定的所述第一位置分别存储在所述碱基对数据中与各种碱基对相对应的元素的第一分量中；

第二分量查找单元，其在所输入的核糖核酸序列中进行查找，以确定各种碱基对的第二分量在所输入的核糖核酸序列所处的第二位置，并将所确定的所述第二位置分别存储在所述碱基对数据中与各种碱基对相对应的元素的第二分量中；

茎区搜索单元，其搜索在所述碱基对数据的各元素的第一分量和第二分量之间的核糖核酸序列中的所有茎区，将与所搜索到的与各茎区相对应的有关信息分别存储在所述茎区数据的各元素中，将与所搜索到的各祖先茎区有关的信息分别存储在所述祖先茎区数据的各元素中，其中所述所有茎区包含所搜索到的茎区的子茎区；

最大茎区确定单元，其根据所述茎区数据和所述祖先茎区数据来确定在所输入的核糖核酸序列中的最大茎区。

10.根据权利要求9所述的预测装置，其特征在于，

所述祖先茎区数据包括与各祖先茎区一一对应的各元素，所述祖先茎区数据的各元素用于存储相应祖先茎区所在家族的家族能量值和所述相应祖先茎区的位置信息。