[发明专利]一种荧光标记的插入缺失遗传多态性位点复合扩增系统及其应用

说明书

技术领域

本发明属于生物学检测技术领域，涉及检测人类基因组中具有多态性的遗传标记，尤其涉及一种通过复合扩增35个插入缺失遗传多态性标记(Insertion/Deletion, InDel)来进行的荧光标记复合扩增系统及其应用。

背景技术

STR基因座（short tandem repeat, STR）是一类广泛存在于真核生物基因组中的DNA串联重复序列，其核心序列为2-7bp，重复次数通常在15-30次。STR基因座的高度多态性和其在基因传递过程中遵循孟德尔共显性遗传规律等特点，使得PCR-STR复合扩增荧光检测技术已经成为国际法医学界不可或缺的一项重要技术手段，在各国的罪犯DNA数据库建设、个体识别以及亲权鉴定等司法实践中发挥着越来越重要的作用。但随着人们对STR基因座的广泛应用和了解，STR的一些缺陷愈显突出，主要体现在以下几方面：一、STR基因座的突变率较高，原本很稀有的突变问题正在成为常见事件，这一问题已经引起广泛关注；二、STR基因座一般有多个等位基因，等位基因间长度差别大，PCR扩增产物一般较长，不易实现多个基因座的复合扩增；三、具备法医学应用价值的STR基因座数量十分有限。

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)作为第三代遗传标记，由于自发突变率明显低于STR基因座(10^-8vs10^-3)，且位点多为二等位基因，分型是定性问题，更易于实现自动化。此外，对于单个SNP位点，其扩增产物可以很短，容易实现多个位点复合扩增，有利于降解检材、石蜡包埋肿瘤组织等的分型，其应用于法医学实践的优越性已经越来越明确。SNP在美国“9.11”事件遇难者身份识别中已发挥了重要作用。目前国际法医遗传学界已达成了一种初步共识，即SNP可能是替代STR的理想的遗传多态性标记。但是在以往关于SNP的研究中，选择的SNP位点均是经典的二等位基因SNP，是单个碱基的替换或颠换，采用的技术平台无论是Minisequencing(核心是单碱基延伸)、连接反应还是质普分析，要么需要特殊仪器设备(如SNPStream、MALDI-TOF质普仪)，要么核心技术为国外技术公司掌握(如SNPlex)，均不利于在常规的法医学实验室推广应用。

插入/缺失多态性(Insertion/Deletion, InDel)作为一种特殊类型的二等位基因SNP，由于兼具SNP和STR的特征、并可直接采用现已广泛应用的STR分型技术平台，而受到了国内外法医遗传学者的关注。国外学者如Pereira等人与Edelmann等人于2009年分别建立了一个包含38个常染色体InDel位点和26个X染色体InDel位点的可用于个体识别目的的复合扩增体系，该体系采用多色荧光标记，毛细管电泳，依靠插入缺失片段的大小就可以实现快速、准确的进行分型，体现出了InDel遗传标记在法医学中应用的优越性。目前，针对中国人群开发的一种荧光标记的插入缺失遗传多态性标记复合扩增系统尚未见报道。

发明内容

本发明的目的在于针对现有技术的不足，提供一种在中国人群中具有高个体识别率的InDel位点并建立相应的荧光标记复合扩增系统。

本发明的另一个目的在于提供上述复合扩增系统在为三联体亲子鉴定、二联体亲子鉴定、祖孙鉴定、同胞鉴定以及个体识别、疾病诊断和人类学等领域中的应用。