[发明专利]一种检测黄牛ANGPTL4基因单核苷酸多态性的方法

说明书

技术领域

本发明属于生物技术领域，涉及基因单核苷酸多态性(SNP)的检测，特别涉及一种检测黄牛ANGPTL4(类血管生长因子4)基因单核苷酸多态性的方法。

背景技术

基因多态性是指不同物种或者同一物种内的不同个体间基因组序列的差异，这些差异是由于染色体中DNA等位基因中核苷酸改变引起，主要是包括碱基的替换、插入、缺失以及重复序列拷贝数的变化。

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)是由美国麻省理工学院的人类基因组研究中心的学者Lander(1996)提出的一类遗传标记系统，就是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸(A/T/C/G)的替换而引起的多态性。它的变异形式有：颠换、转换、插入和缺失等，主要由单个碱基的转换或者颠换所引起。具有转换型的碱基变异的SNPs约占2/3。

根据基因组中单核苷酸多态性产生的位置，可分为以下3类：基因编码区单核苷酸多态性(Coding-region SNPs，cSNPs)、基因周边单核苷酸多态性(Perigenic SNPs，pSNPs)以及基因间单核苷酸多态性(Intergenic SNPs，iSNPs)。

研究表明，位于编码区内的cSNP比较少，由于它在遗传性疾病研究中却具有重要意义，因此，编码区内的cSNP的研究更受关注。基因编码区内的cSNP又可分为2种：一种是编码区内的同义cSNP(Synonymous cSNP)，即SNP所致编码序列的改变并不会影响其所翻译的蛋白质中氨基酸序列的改变；另一种是编码区内的非同义cSNP(Non-Synonymous cSNP)，即碱基序列的改变将导致编码氨基酸的改变，从而导致蛋白质中氨基酸序列的改变，可能最终影响到蛋白质的功能。

分子育种，即分子标记辅助选择育种(Molecular Mark-Assist Selection，MAS)，该技术是借助DNA分子标记对遗传资源或育种材料进行选择，对畜禽的综合性状进行品种改良，它是利用现代分子生物学和传统遗传育种相结合的方法，进行新品种选育。在肉牛育种中，人们期望，通过对生长性状密切相关，并且与数量性状紧密连锁的DNA标记的选择，达到早期选种和提高育种值准确性的目的，从而在畜禽育种中获得更大的遗传进展。

分子遗传标记辅助选择就是将现代生物技术与常规选择方法相结合，通过对遗传标记的选择来间接选择控制某性状的数量性状位点(QTL)，使之能够同时利用标记位点信息和数量性状的表型信息，更准确估计动物个体的育种值，提高选择效率，加快育种进展。标记辅助选择主要经历了三个阶段：第一阶段是家畜各性状间的遗传分析；第二阶段是蛋白质(酶)标记对数量性状的标记阶段；第三个阶段是分子遗传标记阶段。随着分子标记技术日渐成熟与丰富，使覆盖整个基因组的标记成为可能，通过与QTL间的连锁分析，实现分子标记辅助选择的目标。单核苷酸多态性(single nucleotidepolymorphism，SNP)作为新的遗传标记已广泛应用于基因定位、克隆、遗传育种及多样性的研究。

ANGPTL4(类血管生长因子4)属于类血管生成素基因家族成员之一，也称禁食诱导的脂肪因子，它是过氧化物增殖体激活受体PPARγ的靶基因。而PPARγ主要参与脂肪形成，促进脂肪的分化和调控特殊脂肪细胞基因的表达。ANGPTL4基因可以抑制脂蛋白脂肪酶的活性，正调控血浆甘油三酯水平，促进脂肪动员，抑制脂肪贮存。ANGPTL4能促进血管生成，并对脂质代谢的调节具有重要作用。同时，ANGPTL4在动脉粥样硬化、2型糖尿病、肝癌、代谢综合征等的发生和发展中有重要作用。因此，研究哺乳动物ANGPTL4基因遗传变异和分子遗传特征具有重要理论和实践意义。

目前，对于ANGPTL4基因的研究多在小鼠和人类上，主要在肝癌，脂蛋白脂酶抑制方面做了大量研究。国内外未见关于黄牛ANGPTL4基因遗传变异的研究。中国黄牛ANGPTL4基因遗传变异领域的研究匮乏，该基因位点的功能研究及其遗传变异与经济性状(如：初生重、日增重、体重等性状)关联的研究仍是空白。

发明内容

本发明解决的技术问题在于提供一种检测的黄牛ANGPTL4基因单核苷酸多态性的方法，寻找与经济性状关联的SNP作为分子标记，加快具有优质经济性状黄牛种群的建立。

本发明是通过以下技术方案来实现：