[发明专利]基于Hurst指数的DNA序列相似性检测方法

权利要求书

1.基于Hurst指数的DNA序列相似性检测方法，其特征在于：包括如下步骤：

1)获取不同物种相同功能区域的DNA编码序列作为初始序列；

2)对步骤1)所得的初始序列进行数字转换，得到初始序列对应的数值序列；

3)对步骤2)所得的每个数值序列通过R/S分析方法获得得到各个数值序列的Hurst指数；

4)利用步骤3)所得的Hurst指数构建距离矩阵；

5)从步骤4)获得的距离矩阵获得序列相似性信息，即：距离数值越小的Hurst指数对应的DNA编码序列，其对应物种相似性越大，反之，其对应物种相似性越小。

2.如权利要求1所述的基于Hurst指数的DNA序列相似性检测方法，其特征在于：所述步骤2)中，采用2D图形表示法对初始序列进行数字化。

3.如权利要求2所述的基于Hurst指数的DNA序列相似性检测方法，其特征在于：所述步骤3)中，对任一数值序列使用R/S分析方法通过如下步骤获得数值序列的Hurst指数：

a)通过下式，获得均值序列：

b)通过下式，获得累计离差：

c)通过下式，获得极差：R(n)＝maxu(i，n)-minu(i，n)；

d)通过下式，获得标准差：

e)若存在常数H使得则H为该序列的Hurst指数；

以上步骤中，3≤n≤N。

4.如权利要求3所述的基于Hurst指数的DNA序列相似性检测方法，其特征在于：步骤e)中，通过在双对数坐标ln(n)-ln(R(s)/S(n))系下得到N-2个点，利用最小二乘法对N-2个点进行拟合得到Hurst指数。

5.如权利要求1至4中任一项所述的基于Hurst指数的DNA序列相似性检测方法，其特征在于：所述步骤4)中的距离矩阵是所有初始序列对应的Hurst指数两两比较所得差值构成的数值矩阵。

6.如权利要求5所述的基于Hurst指数的DNA序列相似性检测方法，其特征在于：所述数值矩阵为上三角矩阵。