[发明专利]差异表达基因的检测方法无效
申请号: | 201010293987.2 | 申请日: | 2010-09-27 |
公开(公告)号: | CN101974623A | 公开(公告)日: | 2011-02-16 |
发明(设计)人: | 王军伟;石铁流;常畅;何静 | 申请(专利权)人: | 华东师范大学 |
主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68;G06F19/00 |
代理公司: | 上海麦其知识产权代理事务所(普通合伙) 31257 | 代理人: | 董红曼 |
地址: | 200062 上*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 差异 表达 基因 检测 方法 | ||
1.一种差异表达基因的检测方法,其特征在于,包括如下步骤:
(1)确定样本的数量;所述样本包括病例组样本、对照组样本、或多总体中每个总体的样本;
(2)通过数据读取单元,从基因芯片中获取基因表达值;
(3)先通过2进制-10进制数据转换单元,再通过以2为底对数的数据转换单元,将所述基因表达值转换成矩阵Xi,其中,矩阵Xi是第1到第k次方矩阵,i表示第i个样本,x表示数据转换后的值,k表示最高原点矩的次数,w表示获取样本的个数;
(4)通过数据处理单元进行样本检验;
A)当所述样本包括病例组样本和对照组样本时,通过双样本检验单元进行SWang检验,所述SWang检验是指其中,n是病例组样本的数量,m是对照组样本的数量,k是最高原点矩的次数,是病例组样本的基因表达值转换后的原点矩向量,是对照组样本的基因表达值转换后的原点矩向量,D1是病例组样本的基因表达值转换后的从第1次方到第k次方之间离差阵,D2是对照组样本的基因表达值转换后的从第1次方到第k次方之间离差阵;
B)当所述样本仅包括病例组样本时,通过单样本检验单元进行SWang检验,所述SWang检验是指其中,S0是已知分布的原点矩向量;C)当所述样本为多总体样本时,通过多样本检验单元进行SWang检验,所述SWang检验是指其中,d为多总体的数量,di为各个总体中的样本数量,sd为d个总体的样本数量之和,sd=d1+d2+…+dp;
(5)通过分布识别单元进行分析,判断样本检验结果的分布,从而确定p值;
(6)通过比较单元得到检测结果,当所述p值小于0.05时,则判断所述样本之间的基因表达值存在差异。
2.如权利要求1所述差异表达基因的检测方法,其特征在于,所述步骤(2)中基因芯片包括实验制得的基因芯片。
3.如权利要求1所述差异表达基因的检测方法,其特征在于,所述步骤(4)中的k值最大为4。
4.如权利要求1所述差异表达基因的检测方法,其特征在于,所述步骤(5)中样本检验结果是符合F分布或卡方分布。
5.如权利要求1所述差异表达基因的检测方法,其特征在于,所述步骤(6)的样本之间的基因表达值的差异,可以通过公共基因数据库中已经发表的被证实的基因或实验来验证。
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