[发明专利]早期肝细胞的产生及其用途

说明书

技术领域

本发明涉及胚胎干细胞肝向分化。具体而言，本发明涉及非人哺乳动物胚胎干细胞定向分化为肝细胞的系统、技术，以及由此所获得的分化细胞的用途。

背景技术

GATA4和Foxa2是定型内胚层发育和肝脏发生相关的核心转录因子。Foxa2和GATA4可能作为先锋因子，以一种预先结合基因的promoter/enhancer并改变其染色质结构的方式，在定型内胚层(DE)细胞中调控Alb等肝脏发育相关基因的表达，并且可能存在一种广泛的共同调控的作用方式。因此，在DE细胞中寻找GATA4和Foxa2在全基因组的下游基因以及GATA4和Foxa2共同的下游基因，不仅能更好地阐明这一问题，而且能发掘更多的DE和肝脏发育相关的重要基因。但是，寻找两者在早期胚胎发育中的下游基因这一方案目前存在两大技术障碍：第一、要从胚胎组织中分离到数量足够做免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation，ChIP)的DE细胞十分困难；第二、要得到特定胚胎发育阶段的高纯度和同步的细胞群体有相当难度。

在全基因组水平定位蛋白和DNA的相互作用对于理解转录调控非常必要。转录因子结合位点的精确定位对于解读多种生物学过程背后的转录调控网络大有裨益。染色质免疫共沉淀结合测序Chromatin immunoprecipitationfollowed by sequencing(ChIP-seq)是近年来兴起的研究全基因组水平的DNA和转录因子等蛋白相互作用的一种新技术。最先使用ChIP-seq的研究工作发表在2007年。不同于之前的基于芯片杂交的ChIP-chip技术，ChIP-seq技术中对目的DNA片段直接测序，因此，具有更高的分辨率，更低的背景噪音，更大的基因组覆盖率。目前，ChIP-seq正发展成一种研究转录调控必不可少的工具。

针对以上技术障碍，本发明人利用ESC体外诱导分化产生的DE细胞作为模型来寻找GATA4和Foxa2在全基因组的下游基因以及GATA4和Foxa2在全基因组的共同下游基因。这些基因信息已经整理为两个基因文库和相关的生物信息学数据文库。

发明内容

本申请提供一种基因芯片，该芯片包含至少一条表1、表2或表3所示的核苷酸序列。

在一个具体实施方式中，所述芯片含有表1、表2或表3所列核苷酸序列中的至少100条核苷酸序列。

在一个具体实施方式中，所述芯片含有表1、表2或表3所列核苷酸序列中的至少1000条核苷酸序列。

在一个具体实施方式中，所述芯片含有表3所列核苷酸序列中的至少1200条核苷酸序列。

在一个具体实施方式中，所述芯片含有表3所列核苷酸序列中的至少1600条核苷酸序列。

本申请提供一种检测基因表达水平的方法，该方法包括使生物学样品与本申请的基因芯片接触，以及检测感兴趣基因的表达。

本申请提供一种鉴定培养的多能干细胞是否发生了肝向分化的方法，该方法包括将所述培养的多能干细胞与本申请的基因芯片接触，以及检测感兴趣基因的表达，其中，如果在该基因芯片上获得阳性结果，表明该多能干细胞发生了肝向分化。

本申请提供一种筛选发生了肝向分化的多能干细胞的方法，所述方法包括将所述多能干细胞与本申请的基因芯片接触，以及检测感兴趣基因的表达，其中，如果在该基因芯片上获得阳性结果，表明该多能干细胞为肝向分化的多能干细胞。

在一个具体实施方式中，所述多能干细胞为哺乳动物多能干细胞。

在一个具体实施方式中，所述哺乳动物多能干细胞为非人哺乳动物多能干细胞。

本申请也涉及Tcf12(Genbank ID：21406)在控制多能干细胞肝向分化中的应用。

附图说明