[发明专利]一种鸡皮肤颜色相关的分子标记及其鉴别方法和应用

说明书

技术领域

本发明涉及鸡标记辅助选择技术领域，具体地说，是涉及一种用于鸡标记辅助选择的鸡皮肤颜色相关的分子标记及其鉴别方法和应用。

背景技术

皮肤颜色是用于评价禽类产品经济价值的重要指标之一，鸡皮肤的黄色主要是由于类胡萝卜素和叶黄素等黄色素沉积的结果，这种沉积能力受遗传、饲料营养、饲料添加剂、饲养环境、健康状况等方面的影响。鸡皮肤表皮层中叶黄素的表现主要是由W⁺、w这个基因座所决定的，此基因位于第一号染色体上，属于第三连锁群。野生型的显性基因会阻碍黄色素在皮肤、脚胫、喙与脂肪等部位上的沉积，使得皮肤、脚胫颜色呈现白色；相对的突变型的隐性基因则允许黄色素在皮肤、脚胫、喙与脂肪等部位沉积，使这些部位呈现黄色。目前研究已发现，编码β-胡萝卜素双加氧酶2的BCDO2(beta-carotene dioxygenase 2)基因的主要功能是将有颜色的类胡萝卜素分解成为无色的物质，从而使鸡皮肤没有黄色素沉积，而成为白皮肤。研究也已证明，该基因上的突变与鸡皮肤颜色有关，但目前从遗传的角度来说，还没有建立起一种有效的区分鸡是黄皮肤还是白皮肤，以及白皮肤是杂合子还是纯合子的方法。

发明内容

本发明的目的之一是提供一种鸡皮肤颜色相关的分子标记。该分子标记位于鸡皮肤颜色相关基因BCDO2的外显子上。具体来说，该分子标记位于SEQ ID NO：1所示序列中的第259位碱基处A/G碱基突变。当该处碱基为A时，则鸡皮肤颜色为白色，当该处碱基为G时，则鸡皮肤颜色为黄色。

本发明以与鸡皮肤颜色相关基因BCDO2的DNA全长序列为基础，寻找该基因上影响皮肤颜色的突变位点以及相应的多态性检测方法，通过在多个群体中的验证，为鸡育种提供一种关于其皮肤颜色的分子鉴别方法。以下是具体的技术方案：

以鸡BCDO2基因的DNA序列(参考序列GeneBank登录号为NC 006111.2)为模板，设计引物扩增该基因部分序列，所用的引物为：

正向引物：5’-TCCTCTGATTGCTTTACTGACTTG-3’，

反向引物：5’-GGGAAGGAGGTATCATTGGAGA-3’。

所扩增得到的序列包括完整的第6外显子和部分第5内含子、部分第6内含子，如序列表SEQ ID NO：1所述，该序列全长为444bp。

本发明通过对上述所获得的DNA片段进行鸡品种间(包括白皮肤鸡和黄皮肤鸡)的多序列比对分析，获得的序列如图2所示。比对结果发现一种可作为鸡标记辅助选择应用的分子标记，该标记与鸡的皮肤颜色有关，在该序列的第259位碱基处存在A/G突变，导致Sdu I-RFLP多态性。

本发明的第二个目的是提供了该分子标记的鉴别方法，以鸡BCDO2基因的DNA序列为模板，选择如下引物进行扩增：

正向引物：5’-TCCTCTGATTGCTTTACTGACTTG-3’，

反向引物：5’-GGGAAGGAGGTATCATTGGAGA-3’；

将PCR扩增所得到的产物利用Sdu I内切酶进行酶切反应，琼脂糖凝胶电泳检测酶切产物，如果只有一条444bp的条带，则DNA双链在该突变位点处均为A碱基，判断为AA基因型，表现为白皮肤；若有2条分别为263bp和181bp的条带，则说明DNA双链在该突变位点处均为G碱基，判断为GG基因型，表现为黄皮肤；若有3条分别为444bp、263bp和181bp的条带，则说明DNA双链在该突变位点处一条链为A碱基，另一条链为G碱基，判断为AG基因型，因为A等位基因是显性，所以表现为白皮肤。

本发明的第三个目的是提供该分子标记在鸡分子标记辅助选择中的应用，特别是鸡皮肤颜色选择育种中的应用。

通过本发明所提供的技术方案，还可以制备成该分子标记的鉴别试剂盒。

本发明的有益效果是，通过对上述A/G突变位点的检测，能知道目标鸡群皮肤颜色这一性状的基因型，从而能有目的对鸡群进行选择，提高其后代鸡群皮肤及胫色的一致性。另外，本发明所使用的检测方法准确性高、成本低、效率高。

附图说明

图1是实施例1中鸡BCDO2基因上的部分DNA序列，用来寻找分子标记的片段的电泳图片；

图2是实施例1中应用本发明的方法对2只白皮肤鸡和2只黄皮肤鸡的BCDO2基因上的该片段进行比对的结果；

图3是实施例1中鸡BCDO2基因外显子6上的Sdu I-RFLP的三种基因型(AA，AG和GG)电泳图谱(琼脂糖胶浓度为1.5％)。

具体实施方式