[发明专利]与谷子株高基因紧密连锁的分子标记SIsv0115

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及一种分子标记，具体地，涉及一种与谷子株高基因紧密连锁的分子标记。本发明还涉及该分子标记的引物、该分子标记在谷子株高基因定位或谷子遗传育种中的用途、一种谷子株高基因定位方法、以及一种谷子育种方法。

背景技术

谷子(Setaria italica L.Beauv.)是起源于我国的重要粮食作物，主要在我国的北方种植，在国家粮食生产和粮食安全中占有较为重要的地位。谷子是二倍体自花授粉作物，其基因组较小，约470Mb，这些特性使其很适合作为基因组研究的对象。

目前，遗传连锁图谱的构建已成为基因定位、图位克隆以及基因组结构与功能研究的重要基础。而分子标记又是构建遗传连锁图谱的基础。株高作为关系到作物高产和稳产的重要农艺性状，直接关系到品种的株型、抗倒伏性、区域布局和产量构成性状。因此，迫切需要发现与谷子株高基因紧密连锁的分子标记。

发明内容

本发明人依据全基因组序列，经过大量的实验和不懈的努力，提供了一种与谷子(Setaria italica L.Beauv.)株高基因紧密连锁的分子标记SIsv0115，并由此提供了下述发明：

本发明的一个方面涉及一种与谷子株高基因紧密连锁的分子标记SIsv0115，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。其中加边框部分为引物设计区段：

688bp

AACGAGATGTTAAAAGGGTCCAAGATAGTGTTGAGTTTAAATATTAAAATTTCCAAGTGCGAGTTCGAGAACTCAGCCTTTTCCTGTACAAATTCAACAAGGCCCCGTTTGGGTCCAAGGAATTGGAATCTATTTAATGGAGTAGGTTAATTTATGTTGGAATGTGGCATTCCACAACTTTCCAAAGTTTAGATATAAGCCTATCTTAAATTCATGGGGTGGGAGATGGAAATTGATTCTATAGATTATAGTTATTAGATGGAATTCAATTCTTATAGCACGCTCTTAGACTCGCTTCTCTATAGTAGAAGTGCAGCATACAAGTATCTCTCCCATATCACCAACTATAATATACAACTATATTCCACATACAATTATATTAGCTTAATTAATTTGTGTCTAAATTATGATTATTAGGATGGAATTCAATTCCAATGATCCAAACGGGGCCCAAGTGAAATGTAATCCTACAAGGGGTCAAGGACGCTTACCAGCTTAAAGGACAGCAGCTTGTTCTCATCTTCCAGCATCTTATTCTACAATCAACCAATAAATTAATGGATGAAGACAGAAACTAAAAACAACCATATGTCAAATAAAATTCATAATACAGGATCTATAGTTGATTAAGCTCGTACGTGTCTCAT(SEQ ID NO：1)

在本发明中，术语“与谷子株高基因紧密连锁的分子标记”是指这样的分子标记，在遗传连锁图谱中，该分子标记与谷子株高基因的遗传连锁距离小于2cM或者小于3cM；或者在谷子的大于400个样本中，非矮株型的样本中含有该分子标记。

本发明的还一方面涉及本发明的分子标记的引物，其核苷酸序列如SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3所示：

SIsv0115F：AGATGTCCAAGATAGTTCTCT(SEQ ID NO：2)

SIsv0115R：TGGAGCACTGGGAATTGCAT(SEQ ID NO：3)。

本发明的分子标记也可以为含有SEQ ID NO：1所示核苷酸序列的DNA片段；该DNA片段的长度为适当长度，但并不特别限定，例如，小于10,000bp、小于5,000bp、小于2,000bp、小于1,500bp、小于1,200bp、小于1,000bp、或者小于800bp。