[发明专利]猪肉质性状相关基因TRIM63的分离核酸序列

说明书

本发明专利申请为中国发明专利申请号200910045960.9，申请日2009年1月22日，申请人“上海交通大学”，发明名称“猪肉质性状相关基因TRIM63的分离核酸序列”的分案申请

技术领域

本发明涉及的是一种基因工程技术领域的猪的核酸序列，特别是一种猪肉质性状相关基因TRIM63的分离核酸序列。

背景技术

我国是世界第一猪肉生产国，根据农业部公布的数据，2006年我国猪肉产量为5200万吨，占全球猪肉产量的53％。虽说产量巨大，但我国的猪肉生产仍未能完全自给自足，供需紧张导致我国的养猪业在过去很长的一段时间里只注重数量，而对质量要求较低。随着生活水平和保健意识的提高，人们的膳食结构发生了很大的变化，越来越注重膳食成分与其身体健康的关系，对食物有了更高的要求，尤其是对畜产品的要求不断提高。猪肉作为人膳食中重要的组成部分，是人们近年来改善的重点。高蛋白、低脂肪、低胆固醇，既瘦又嫩，多汁味美的猪肉在市场上颇受消费者青睐。因此，猪肉品质成了当今世界养猪界专家共同关心研究的一项重大课题。猪肉品质在不同的国家、同一国家不同市场有不同的概念。广泛接受的是Hofmann(1994)的定义，即猪肉品质是鲜肉物理特性和化学特性的综合体现，主要是指感官品质、技术加工品质、营养价值和卫生质量(毒性或食品安全方面)等4个方面。具体用肌肉的pH值、颜色、系水力、嫩度、肌内脂肪含量、风味等指标来衡定。影响猪肉品质的因素很多，包括遗传、营养、饲养营理、屠宰前处理及屠宰工艺等，其中遗传是最重要的因素，因此，高品质猪肉种猪的育种是改善猪肉品质的重要途径。常规育种所需要的时间比较长，而标记辅助选择(Marker assisted selection，MAs)是将现代分子生物技术与常规育种方法相结合，借助分子标记选择某一位点来改变该位点的基因频率的过程，也称分子辅助选择。即通过对遗传标记的选择，间接实现对控制某性状的数量性状位点(QTL)或者基因的选择，从而达到对该性状进行选择的目的。因此，标记辅助选择相对于表型选择的优越性在限性性状和生长发育后期才表现的性状上表现尤为突出。可以加快改良畜禽品种，提高动物生产效率和经济效益。

近年来，分子水平的研究取得飞速发展，随着动物的一些主效基因及QTL的发现和定位，已经形成了一个崭新的分子育种领域。最具影响的是氟烷基因(Hal)也就是兰尼定受体I(RYRI)基因。氟烷基因对于肉质的影响在于它可以引起猪的应激综合症(porcine stress syndrome，PSS).应激综合症是导致PSE(Pale，soft，exudative)肉的原因。在RYRI基因的1843位的碱基由C到T的突变，引起猪应激时骨骼肌钙离子的非正常释放，造成肌肉呈灰色、质地柔软、具渗出性和水性。肌内脂肪(IMF)含量与猪肉的感官特性相关，与肉的嫩度及风味等食用品质密切相关，并且在各个猪的品种间肌内脂肪的含量有很大的差别，心脏脂肪酸结合蛋白基因(Heart Fatty Acid Binding Protein H-FABP)是影响肌内脂肪沉积的重要因素。Gerben et al(1997)报道了在猪的H-FABP基因上有多态性位点(HaeIII，MspI，Hinfl)，不同基因型对应的IMF和背膘的厚度不同。此外，与猪肉质性状相关的还有酸肉基因、黑素皮质激素受体-4基因、瘦素受体基因、过氧化物酶增殖激活因子、钙蛋白酶抑制蛋白基因、脂肪细胞决定和分化因子1基因等等。

TRIM基因家族是近年来越来越受到重视的一个蛋白家族，该家族在结构上保守，显著特点是具有3个结构域(tripartite motif)，这3个结构域从N端到C端依次是锌指结构域(RING finger)、1或2个B-box、1个卷曲螺旋(coiled-coil)结构域，其中，B-box是TRIM家族的特征结构域，TRIM的名称也由此而来。目前在人类已经发现了60多个TRIM家族的蛋白成员。TRIM63是该家族一个亚家族的成员，又称为肌肉特异表达因子。已有研究发现TRIM63基因在肌肉内肌原纤维节装配的过程中发挥作用。人类TRIM63基因的基因组全长16324bp，包含9个外显子和8个内含子部分，mRNA长1764bp，CDS长为1062bp，位于1号染色体的p34-p33区。TRIM63基因在猪中的研究尚未有报道，其与猪肉质性状间的关系尚不明确，而研究猪TRIM63基因突变位点在群体中的多态性，并进行性状关联分析是研究该基因功能的一个非常有力的手段，因此对这个基因进行了多态研究和关联分析，以期能够得到与猪肉质性状相关的分子标记用于猪肉质性状改良。