[发明专利]一种计算机预测蛋白功能的方法有效
| 申请号： | 201010567278.9 | 申请日： | 2010-11-30 |
| 公开（公告）号： | CN102479295A | 公开（公告）日： | 2012-05-30 |
| 发明（设计）人： | 李国辉;徐贝思;张鼎林 | 申请（专利权）人： | 中国科学院大连化学物理研究所 |
| 主分类号： | G06F19/10 | 分类号： | G06F19/10 |
| 代理公司： | 沈阳科苑专利商标代理有限公司 21002 | 代理人： | 李晓光 |
| 地址： | 116023 *** | 国省代码： | 辽宁;21 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 计算机 预测 蛋白 功能 方法 | ||
1.一种计算机预测蛋白功能的方法，其特征在于包括以下步骤：
对生物大分子的原子之间的距离进行半粗粒化统计，得到生物大分子之间相互作用的半粗粒化统计势函数；
利用半粗粒化统计势函数在目标蛋白周围空间找到相互作用的热点区域；
结合分子碎片生长方法，在热点区域寻找可有与目标蛋白紧密结合的蛋白质、DNA或RNA序列片段；
计算蛋白质、DNA或RNA序列片段与目标蛋白结合的强度并排序；
选取规定数量的序列片段及其结构，在相关的生物功能数据库中进行搜索，查找相应的生物功能，预测到目标蛋白可能具有的功能。
2.按权利要求1所述的计算机预测蛋白功能的方法，其特征在于：
所述半粗粒化统计势函数通过以下过程得到：
读入蛋白质三维结构，按照相应原子在其所在氨基酸残基或DNA碱基或RNA碱基类型上的拓扑位置给定其原子类型
利用给定类型统计原子对之间的距离分布，通过与期望的分布值比较，得到半粗粒化统计势函数，通过以下公式将分布值转化成统计势函数：
其中，R为理想气体常数，T为温度取值300K，r为原子对之间的距离，Δr为统计区间宽度，rcut为截断距离。α和N0为经验参数分别取值1.61和75。把距离在区间内的原子对按照其相应目标蛋白中的原子类型i和相应预测蛋白、DNA或RNA中的粗粒化原子类型j统计为Nobs(i，j，r)。为Nobs(i，j，r)中原子类型对相应的两个原子一个是全原子模型并且另一个是粗粒化模型的部分。则中间变量
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G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
