[发明专利]一种DNA文库及其制备方法、一种DNA测序方法和装置

权利要求书

1.一种DNA文库的制备方法，包括如下步骤：

1)将样本基因组DNA随机打断为20-50kb的DNA片段；

2)下述的步骤A或B：

A.将打断的DNA片段两个末端进行补平，并加上捕获标记，然后分离20-50kb的DNA片段；或

B.分离打断的20-50kb的DNA片段，然后将DNA片段两个末端进行补平，并加上捕获标记；

3)将分离的DNA片段进行环化，得到环状DNA，并除去未环化的DNA片段；

4)将环状DNA打断为100-2,000bp的DNA片段；

5)从步骤4)中得到的DNA片段中分离带有捕获标记的DNA片段，得到捕获片段；

优选地，还包括

6)将捕获片段进行末端补平；

优选地，还包括

7)将步骤6)中末端补平后的DNA片段进行末端加碱基A和连接测序接头的步骤；

优选地，还包括

8)将步骤7)中得到的DNA片段进行PCR扩增的步骤。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，步骤1)中，将基因组DNA打断为25-50kb的DNA片段。

3.根据权利要求1所述的方法，其中，步骤2)中，所述分离为凝胶电泳分离。

4.根据权利要求1所述的方法，其中，步骤2)中，所述捕获标记为生物素，步骤5)中所述分离通过使用带有链酶亲和素的磁珠进行。

5.根据权利要求1所述的方法，其中，步骤3)中，在环化之前，将步骤2)中得到DNA样品置于50-75℃孵育1-30分钟后立即冰浴。

6.根据权利要求1所述的方法，其中，步骤3)中，联合使用T3DNA连接酶和T4DNA连接酶进行环化。

7.根据权利要求1所述的方法，其中，步骤3)中，通过使用不降解质粒的ATP依赖DNA酶和/或核酸外切酶I除去未环化的DNA片段。

8.根据权利要求1所述的方法，其中，步骤4)中，将环状DNA打断为100-1,000bp的DNA片段；优选地，打断为200-800bp的片段。

9.一种DNA文库，其根据权利要求1至8中任一项所述的制备方法制得。

10.一种DNA测序方法，包括将权利要求9所述的DNA文库进行测序的步骤；优选地，使用高通量测序平台进行测序；具体地，所述高通量测序平台为第二代测序平台或者是单分子测序平台；更具体地，所述第二代测序平台选自Illumina-Solexa测序平台、ABI-Solid测序平台、以及Roche-454测序平台；所述单分子测序平台选自Helicos公司的真实单分子测序平台、Pacific Biosciences公司的单分子实时测序平台、以及Oxford Nanopore Technologies公司的纳米孔测序平台。

11.一种DNA测序方法，包括如下步骤：

(1)使用权利要求10所述的方法对样本基因组DNA进行测序；

(2)使用高通量测序技术对样本基因组进行测序；

(3)将步骤(1)和(2)中得到的测序结果进行组装和/或拼接。

12.一种DNA测序装置，包括DNA文库制备单元和测序单元；具体地，所述DNA文库制备单元包括随机打断单元、补平标记单元、分离单元、环化单元，所述测序单元为高通量测序平台。