[发明专利]针对稀疏矩阵的数据存储方法及基于该方法的SpMV实现方法无效

专利信息
申请号: 201010594672.1 申请日: 2010-12-17
公开(公告)号: CN102033854A 公开(公告)日: 2011-04-27
发明(设计)人: 孙相征;张云泉;王婷;刘芳芳;袁良 申请(专利权)人: 中国科学院软件研究所
主分类号: G06F17/16 分类号: G06F17/16
代理公司: 北京君尚知识产权代理事务所(普通合伙) 11200 代理人: 余长江
地址: 100190 *** 国省代码: 北京;11
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摘要:
搜索关键词: 针对 稀疏 矩阵 数据 存储 方法 基于 spmv 实现
【权利要求书】:

1.一种针对稀疏矩阵的数据存储方法,包括下列步骤:

A、以给定列单元大小mrows的行数扫描稀疏矩阵,当扫描到非零元时,将该非零元所在列的非零元值存储到非零元数组val中;

B、计算该非零元所在列单元与前一列单元的列值差,判断非零元列单元列值差类型,将列值差类型相同的列单元作为同一列组并存储列组信息到index数组中。

2.根据权利要求1所述的针对稀疏矩阵的数据存储方法,其特征在于所述将非零元值存储到数组val的方法为:当一个列单元中的非零元值的个数小于mrows时,进行零元行填充。

3.根据权利要求1所述的针对稀疏矩阵的数据存储方法,其特征在于所述将非零元值存储到数组val的方法为:

首先将非零元值按行值的逆序排列方式存储到非零元数组val中;

然后将列单元中的非零元的分布位图存储到map数组中,位图中1表示有非零元,0表示没有。

4.根据权利要求1所述的针对稀疏矩阵的数据存储方法,其特征在于所述列组信息包含列值差类型、列组中的列单元数目和列值差值。

5.根据权利要求4所述的针对稀疏矩阵的数据存储方法,其特征在于列值差类型包括列单元连续排列、列单元不连续排列、换行和结束,列单元连续排列用常量1表示;列单元不连续排列用存储列值差所需的字节数表示,分别为1byte、2bytes或4bytes;换行表示连续多次扫描没有非零元;结束表示矩阵存储完毕。

6.根据权利要求5所述的针对稀疏矩阵的数据存储方法,其特征在于列组信息的存储方法为:

当列值差类型为常量1时,不存储列值差;

当列值差类型为换行时,存储的列单元数目为连续扫描没有非零元的扫描次数,不存储列值差;

当列值差类型为列单元不连续排列时,存储列单元数目,并顺序存储列值差值。

7.根据权利要求6所述的针对稀疏矩阵的数据存储方法,其特征在于列组信息存储到index数组的方法为:

用一个字节存储列值差类型,列值差类型占用最低的三个比特位,第四个比特位存储换行标识表示开始新一行;

用一个字节存储列单元数目,所述列单元有n个时,以n-1表示列单元数目。

8.一种基于稀疏矩阵数据存储方法的SpMV实现方法,包括如下步骤:

1)从矩阵A的index数组中读取列组的列值差类型,根据列值差类型,计算该列值差类型对应的列组中每个列单元的列值col;

2)根据每个列单元的列值col读取相应的x变量,将x变量的值和val数组中该列单元的元素分别相乘后,得到变量y的数组<y0,y1,...,ymrows-1>;所述元素为经零元行填充的mrows个元素或由map数组中的分布位图确定的非零元值;

3)将列组中每个列单元计算得到的数组<y0,y1,...,ymrows-1>进行累加后保存在结果数组中;

4)继续读取下一个列组的列值差类型,并计算数组<y0,y1,...,ymrows-1>,保存在结果数组中。

9.根据权利要求8所述的SpMV实现方法,其特征在于所述列值col的计算方法为:

首先判断列值差类型中是否具有换行标识,若有初始化列值为0;

然后根据列值差类型在初始化列值的基础上计算当前列单元的列值:

若列值差类型为常量1,列值增加1.

若列值差类型为列单元不连续排列,则从index数组中读取该列单元的列值差值加上初始化列值,得到当前列单元的列值。

若列值差类型为换行,列值为0。

10.根据权利要求8所述的SpMV实现方法,其特征在于当列组中的列单元小于设定阈值时,将该列组与相邻列组合并。

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