[发明专利]一种SSR分子标记冗余性的生物信息学分析方法

权利要求书

1.一种SSR分子标记冗余性的生物信息学分析方法，其特征在于，包括以下步骤：

A1，下载公共数据库中的相关SSR分子标记或者自己开发的SSR分子标记；

A2，对所述SSR分子标记进行预处理，转化成FASTA格式；

A3，把处理好的FASTA文件备份一个文件，使用该备份文件作为输入，对各个物种的SSR分子标记分别比对，查询相似性序列；

A4，从A3得到的结果中按照相似匹配分值不低于81％；同时没有gap；来过滤一对引物，然后提取相似引物编号；

A5，把所有相似引物写入一行，输出最终结果文件out.list。

2.根据权利要求1所述的生物信息学分析方法，其特征在于，步骤A4中匹配分值计算公式如下：

S=al×100+(m×(-3))]]>

S：匹配分值；a：查询序列和目标序列匹配上的序列长度(bp)；l：目标序列长度(bp)；m：错配个数。