[发明专利]模块式DNA结合结构域及使用方法

权利要求书

1.一种制备选择性识别靶DNA序列中至少一个碱基对的多肽的方法，所述方法包括合成包含重复序列结构域的多肽，其中所述重复序列结构域包含至少一个衍生自转录激活子样(TAL)效应子的重复序列单元，其中所述重复序列单元包含决定所述靶DNA序列中碱基对的识别的高变区，其中所述重复序列单元负责所述DNA序列中一个碱基对的识别，并且其中所述高变区包含选自由以下组成的组的成员：

(a)用于识别C/G的HD；

(b)用于识别A/T的NI；

(c)用于识别T/A的NG；

(d)用于识别C/G或A/T或T/A或G/C的NS；

(e)用于识别G/C或A/T的NN；

(f)用于识别T/A的IG；

(g)用于识别C/G的N；

(h)用于识别C/G或T/A的HG；

(i)用于识别T/A的H；和

(j)用于识别G/C的NK。

2.权利要求1所述的方法，其中所述高变区对应于所述重复序列单元中的氨基酸12和13。

3.权利要求1或2所述的方法，其中所述重复序列结构域包含1.5至40.5个重复序列单元。

4.权利要求1或2所述的方法，其中所述重复序列结构域包含11.5至33.5个重复序列单元。

5.权利要求1-4任一项所述的方法，其中所述多肽还包含至少一个可操作连接至所述重复序列结构域的附加结构域。

6.权利要求5所述的方法，其中所述附加结构域包括细菌、病毒、真菌、卵菌、人、动物、植物或人工蛋白或其部分。

7.权利要求6所述的方法，其中所述附加结构域包括能够修饰DNA或RNA的蛋白或其功能性部分或结构域。

8.权利要求6所述的方法，其中所述附加结构域包括选自由以下组成的组的蛋白或其功能性部分或结构域：转录激活子、转录阻遏物、抗性介导蛋白、核酸酶、拓扑异构酶、连接酶、整合酶、重组酶、解离酶、甲基化酶、乙酰基转移酶、去甲基化酶和脱乙酰酶。

9.权利要求1-8任一项所述的方法，其中所述多肽的重复序列结构域通过表达编码所述多肽的DNA序列而被合成，并且其中所述编码所述多肽的DNA序列通过在一个或多个靶载体中预装配所述重复序列单元而被装配，所述靶载体可以随后被装配成包含所述编码所述多肽的DNA序列的最终载体。

10.权利要求1-9任一项所述的方法，其中所述重复序列单元包含30至40个氨基酸。

11.权利要求10所述的方法，其中所述重复序列单元包含33、34、35或39个氨基酸。

12.权利要求1-11任一项所述的方法，其中所述多肽识别所述靶DNA序列中至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个碱基对。

13.权利要求12所述的方法，其中所述多肽识别所述靶DNA序列中所有碱基对。

14.权利要求12所述的方法，其中所述多肽能够结合至所述靶DNA序列。

15.一种多肽，所述多肽由权利要求1-14任一项所述的方法制备。

16.权利要求15所述的多肽，其中所述多肽不是天然存在的。

17.一种DNA，包含权利要求1-14任一项所述的方法制备的多肽的编码序列。

18.权利要求17所述的DNA，其中所述DNA不是天然存在的。

19.一种表达盒，包含与权利要求17所述DNA可操作连接的启动子。

20.一种非人宿主细胞，包含权利要求19所述的表达盒。

21.权利要求20所述的宿主细胞，其中所述宿主细胞是细菌细胞、真菌细胞、动物细胞或植物细胞。

22.一种转化的非人生物，包含权利要求19所述的表达盒。

23.权利要求22所述的转化的生物，其中所述生物是真菌、动物或植物。