[发明专利]对杂聚靶核酸序列测序的方法

权利要求书

1.一种对杂聚靶核酸序列测序的方法，包括：

(a)使所述靶序列通过跨膜孔，使得所述靶序列中的一部分核苷酸 一次一个地与所述孔中至少一个能够区分不同核苷酸的位点相互作 用；并且

(b)测量在每个相互作用过程中通过所述孔的电流，从而确定所述靶 序列的序列。

2.权利要求1的方法，其中所述靶序列中的一部分核苷酸一次一 个地与所述孔中两个或多个能够区分不同核苷酸的不同位点相互作用。

3.权利要求2的方法，其中所述两个或多个不同位点各自以不同 方式区分不同核苷酸。

4.权利要求3的方法，其中选择的核苷酸与所述两个或多个不同 位点中的每一个的相互作用产生不同的流过所述孔的电流。

5.权利要求3的方法，其中不同核苷酸与所述两个或多个不同位点 中的每一个的相互作用产生不同的流过所述孔的电流，并且其中所述不 同电流的平均值之间的间隔在所述两个或多个不同位点中的每一个之间 不同。

6.前述权利要求任一项的方法，其中对所述孔进行修饰以改变至 少一个位点区分不同核苷酸的能力。

7.权利要求6的方法，其中对所述孔进行修饰以改变当选择的核苷 酸与所述至少一个位点相互作用时流过所述孔的电流。

8.权利要求2-5任一项的方法，其中在所述两个或多个不同位点之 一处对所述孔进行修饰，以改变所述其他两个或多个不同位点中的至少 一个区分不同核苷酸的能力。

9.权利要求8的方法，其中在所述两个或多个不同位点之一处对所 述孔进行修饰，以改变所有所述不同位点区分不同核苷酸的能力。

10.权利要求8或9的方法，其中对所述孔进行修饰以增加当选择 的核苷酸与所述两个或多个不同位点中的每一个相互作用时流经所述孔 的电流之间的差异。

11.前述权利要求任一项的方法，其中所述杂聚靶核酸序列包含三 种或更多种不同核苷酸。

12.前述权利要求任一项的方法，其中所述杂聚靶核酸序列包含四种 不同核苷酸。

13.权利要求12的方法，其中所述4种不同核苷酸包含核碱基(a) 腺嘌呤、(b)鸟嘌呤、(c)胸腺嘧啶或尿嘧啶和(d)胞嘧啶。

14.前述权利要求任一项的方法，其中使用核酸操作酶使所述靶序 列通过所述孔。

15.权利要求14的方法，其中所述核酸操作酶来自核酸酶。

16.权利要求15的方法，其中所述核酸酶是酶分类(EC)组3.1.11、 3.1.13、3.1.14、3.1.15、3.1.16、3.1.21、3.1.22、3.1.25、3.1.26、3.1.27、 3.1.30和3.1.31中的任一组的成员。

17.权利要求16的方法，其中所述核酸操作酶来自核酸外切酶。

18.权利要求17的方法，其中所述核酸外切酶包含SEQ ID NO：6、 8、10和12中的任一个所示的序列或其变体。

19.权利要求14的方法，其中所述核酸操作酶来自聚合酶或解螺旋 酶。

20.权利要求19的方法，其中：

(a)所述聚合酶是酶分类(EC)组2.7.7.6、2.7.7.7、2.7.7.19、2.7.7.48 和2.7.7.49中的任一组的成员；或者

(b)所述解螺旋酶是酶分类(EC)组3.6.1.-和2.7.7.-中的任一组的成 员。

21.权利要求20的方法，其中所述聚合酶是依赖DNA的DNA聚合 酶、依赖RNA的DNA聚合酶、依赖DNA的RNA聚合酶或依赖RNA 的RNA聚合酶。