[发明专利]用于选择统计上确认的候选基因的方法

说明书

发明领域

本发明涉及分子遗传学，特别地涉及用于评估种群中遗传标记与表型之间的关联的方法。

发明背景

发展了多重实验范式以鉴定和分析数量性状基因座(QTL)(参见例如，Jansen(1996)Trends Plant Sci 1：89)。数量性状基因座(QTL)是基因组的区域，该区域对一种或多种蛋白质进行编码并且解释了显著比例的可以受多个基因控制的给定表型的变异性。对于作物种类中的QTL作图的大多数公开报告是基于双亲杂交的使用。典型地，这些范式包括将一个或多个亲本对进行杂交，这一个或多个亲本对可以是例如衍生自两个近交品系的单个对、或不同近交品系或系的多个相关的或无关的亲本，它们各自展示出相对于感兴趣的表型性状的不同的特征。典型地，这个实验计划包括从两个分叉的近交系(例如被选择以最大化在这些系之间的表型和分子标记差异)的单次杂交衍生出100至300个分离子代。将亲代和分离子代对于多个标记位点进行基因分型并且对于一个至几个数量性状(例如抗病性)进行了评估。然后鉴定了QTL作为在分离子代中基因型值与表型变异性之间的显著统计关联。

用于确定标记是否是遗传连接到QTL上(或连接到另一个标记上)的众多的统计方法对于本领域的普通技术人员是已知的，并且包括例如标准线性模型如ANOVA或回归作图(Haley and Knott(1992)Heredity 69：315)、最大似然法如期望最大算法(例如Lander and Botstein(1989)Genetics 121：185-199；Jansen(1992)Theor.Appl.Genet.，85：252-260；Jansen(1993)Biometrics49：227-231；Jansen(1994)In J.W.van Ooijen and J.Jansen(eds.)，Biometrics in Plant breeding：applications of molecular markers，pp.116-124，CPRO-DLO Metherlands；Jansen(1996)Genetics 142：305-311；以及Jansen and Stam(1994)Genetics 136：1447-1455)。示例性的统计方法包括单点标记分析、区间作图(Lander and Botstein(1989)Genetics 121：185)、复合区间作图、惩罚回归分析、复合谱系分析、MCMC分析、MQM分析(Jansen(1994)Genetics 138：871)、HAPLO-IM+分析、HAPLO-MQM分析、以及HAPLO-MQM+分析、贝叶斯MCMC、岭回归(ridge regression)、血源同一性分析、以及Haseman-Elston回归。