[发明专利]肿瘤的分子谱分析

权利要求书

1.一种为需要的受试者确定候选治疗的方法，包括：

(a)对来自该受试者的样品进行免疫组化(IHC)分析以确定至少五种蛋白质的IHC表达谱；

(b)对该样品进行微阵列分析以确定至少10种基因的微阵列表达谱；

(c)对该样品进行荧光原位杂交(FISH)分析以确定至少一种基因的FISH突变谱；

(d)对该样品进行DNA测序以确定至少一种基因的测序突变谱；和

(e)相对于规则数据库比较所述IHC表达谱、微阵列表达谱、FISH突变谱和测序突变谱，其中所述规则数据库包含其对癌细胞的生物活性已知的治疗的图谱，该癌细胞：

i.过表达或欠表达所述IHC表达谱中包括的一种或多种蛋白质；

ii.过表达或欠表达所述微阵列表达谱中包括的一种或多种基因；

iii.在所述FISH突变谱中包括的一种或多种基因中没有突变或具有一个或多个突变；和/或

iv.在所述测序突变谱中包括的一种或多种基因中没有突变或具有一个或多个突变；和

(f)如果满足以下条件，则确定所述候选治疗方法：

i.步骤(e)中的比较表明该治疗应当对该癌症具有生物活性；和

ii.步骤(e)中的比较没有表明该治疗不能用于治疗该癌症。

2.一种为需要的受试者确定候选治疗的方法，包括：

(a)对来自该受试者的样品进行免疫组化(IHC)分析，以确定以下至少5种的IHC表达谱：SPARC、PGP、Her2/neu、ER、PR、c-kit、AR、CD52、PDGFR、TOP2A、TS、ERCC1、RRM1、BCRP、TOPO1、PTEN、MGMT和MRP1；

(b)对该样品进行微阵列分析以确定以下至少5种的微阵列表达谱：ABCC1、ABCG2、ADA、AR、ASNS、BCL2、BIRC5、BRCA1、BRCA2、CD33、CD52、CDA、CES2、DCK、DHFR、DNMT1、DNMT3A、DNMT3B、ECGF1、EGFR、EPHA2、ERBB2、ERCC1、ERCC3、ESR1、FLT1、FOLR2、FYN、GART、GNRH1、GSTP1、HCK、HDAC1、HIF1A、HSP90AA1、IL2RA、HSP90AA1、KDR、KIT、LCK、LYN、MGMT、MLH1、MS4A1、MSH2、NFKB1、NFKB2、OGFR、PDGFC、PDGFRA、PDGFRB、PGR、POLA1、PTEN、PTGS2、RAF1、RARA、RRM1、RRM2、RRM2B、RXRB、RXRG、SPARC、SRC、SSTR1、SSTR2、SSTR3、SSTR4、SSTR5、TK1、TNF、TOP1、TOP2A、TOP2B、TXNRD1、TYMS、VDR、VEGFA、VHL、YES1和ZAP70；

(c)对该样品进行荧光原位杂交(FISH)分析以确定EGFR和/或HER2的FISH突变谱；

(d)对该样品进行DNA测序以确定KRAS、BRAF、c-KIT和EGFR中至少一个的测序突变谱；和

(e)相对于规则数据库比较所述IHC表达谱、微阵列表达谱、FISH突变谱和测序突变谱，其中该规则数据库包含其对癌细胞的生物活性已知的治疗的图谱，该癌细胞：

i.过表达或欠表达所述IHC表达谱中包括的一种或多种蛋白质；

ii.过表达或欠表达所述微阵列表达谱中包括的一种或多种基因；

iii.在所述FISH突变谱中包括的一种或多种基因中没有突变或具有一个或多个突变；和/或

iv.在所述测序突变谱中包括的一种或多种基因中没有突变或具有一个或多个突变；和

(f)如果满足以下条件，则确定所述候选治疗：

i.步骤(e)中的比较表明该治疗应当对该癌症具有生物活性；和

ii.步骤(e)中的比较没有表明该治疗不能用于治疗该癌症。