[发明专利]用于肿瘤特征和标记物组鉴定,肿瘤分级的方法和用于癌的标记物组

权利要求书

1.用于鉴定肿瘤特征的方法，所述方法包括以下步骤：

(1)获得各预测目标特征的3个不同标记物组；

(2)自肿瘤细胞获得样品基因表达信号；

(3)添加报告子以影响样品中的变化，用于允许评定肿瘤中的目标基因表达信号；

(4)将基因表达信号与报告子组合；

(5)将提取的基因表达信号与3个不同标记物组关联；

(6)根据以下顺序将指定分配给提取的基因表达信号：

(a)如果全部3个预测性基因表达信号组的关联预测其具有关注的特征，将其指定为恶性肿瘤；

(b)如果全部3个预测性基因表达信号组的关联预测其缺乏关注的特征，将其指定为良性肿瘤；

(c)如果全部3个预测性基因表达信号组的关联不提供相同的预测的临床结果，将所述肿瘤指定为“中等”；

(7)输出所述指定。

2.权利要求1的方法，其中关注的特征涉及下列之一种或多种：转移，发炎，细胞周期，免疫学应答基因，药物抗性基因，及多-药物抗性基因。

3.权利要求1的方法，其中肿瘤特征是导致差患者手术后存活的趋势。

4.权利要求3的方法，其中步骤4包括根据以下顺序将值分配给提取的基因表达信号：

(a)如果全部3个预测性基因表达信号组的关联预测其为恶性肿瘤，将其指定为恶性肿瘤，并将建议超过一般标准的护理的更攻击性的治疗；

(b)如果全部3个预测性基因表达信号组的关联预测其为良性肿瘤，不建议超过护理标准的治疗，且不建议手术后化学治疗或放射治疗；

(c)如果全部3个预测性基因表达信号组的关联不提供相同的预后，将所述肿瘤指定为“中等”，并建议完全一般标准的护理治疗，包括化学治疗和/或放射治疗。

5.权利要求1的方法，其在步骤1之前包括预先步骤：

(a)鉴定待检查的肿瘤亚型

(b)选择特异于所述肿瘤亚型的标记物组。

6.用于测定权利要求1中使用的类型的预测性基因表达信号组的方法，包括以下步骤：

(1)获得对于目标癌的已知的肿瘤群的目标特征的基因表达信号信息和患者临床信息；

(2)将基因表达信号与有关目标特征的临床患者信息关联，以鉴定哪些基因具有对于临床结果的预测力；

(3)自鉴定的基因表达信号创建至少30个随机练习数据组；

(4)比较步骤1的鉴定的基因表达信号与一列已知的在癌中活跃的基因；

(5)选择对应于已知的癌基因列表上的那些的鉴定的基因表达信号；

(6)根据它们在生物学过程中的作用将选择的鉴定的基因表达信号分组；

(7)自步骤6的选择的基因表达信号组产生至少25个基因的随机基因表达信号组；

(8)将所述随机基因表达信号组与步骤3中获得的随机练习数据组关联；

(9)自对于步骤7的各基因表达信号组的关联获得用于存活筛选的P值；

(10)如果对于多于90％的随机练习数据组，用于基因表达信号组的P值小于0.05，则保持所述基因表达信号组；

(11)基于组中基因出现的频度排序步骤10中保持的随机基因表达信号组；

(12)选择排在前面的至少26个基因作为潜在候选标记物；

(13)重复步骤7～12，并产生至少26个基因的另一，独立，排序组；

(14)比较自步骤12及步骤13的排在前面的基因；

(15)如果多于25个基因相同，将所述排在前面的基因保持为标记物组；

(16)重复两次步骤7～15，以获得3个不同标记物组；

(17)输出所述3个不同标记物组。

7.权利要求6的方法，其中根据它们在生物学过程中的作用的选择的鉴定的基因表达信号的分组使用基因本体论分析进行。

8.权利要求6的方法，其中在步骤3中，创建30和50之间个随机练习组。

9.权利要求8的方法，其中创建30和40之间个练习组。