[发明专利]用于评估B细胞淋巴瘤对抗CD40抗体治疗的响应性的方法

权利要求书

1.一种用于预测具有B细胞淋巴瘤的受试者对抗CD40抗体治疗的响应性的方法，包括下述步骤：

(a)测量自所述受试者获得的包含B细胞淋巴瘤细胞的样品中选自下组的一种或多种标志物基因的表达水平：BCL6、IFITM1、CD40、RGS13、VNN2、LMO2、CD79B、CD22、BTG2、IGF1R、CD44、CTSC、EPDR1、UAP1、和PUS7；并

(b)使用K-最近邻居分析基于来自受试者的样品和类别已知的参照样品中一种或多种标志物基因的表达水平将受试者归为响应或不响应受试者。

2.权利要求1的方法，其中所述测量表达水平是标准化的。

3.权利要求1的方法，其中所述参照样品是自已经测试了对抗CD40抗体治疗的响应性的受试者获得的包含B淋巴瘤细胞的样品。

4.权利要求3的方法，其中所述参照样品与所述来自预测对抗CD40抗体治疗的响应性的受试者的样品包含相同类型的B淋巴瘤细胞。

5.权利要求1-4任一项的方法，其中在对受试者归类时测量并使用至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、或所有十五种标志物基因的表达水平。

6.权利要求5的方法，其中在对受试者归类时测量并使用BCL6、IFITM1、CD22、IGF1R、CD44、EPDR1、和UAP1的表达水平。

7.权利要求1的方法，其中步骤(b)中对受试者归类如下进行：(1)确定参数K；(2)计算来自受试者的样品中标志物基因的测量表达水平与每一参照样品中相应标志物基因的表达水平之间的差异；(3)通过选择那些来自受试者的样品和参照样品之间绝对差异加权平均值(WAAD)最小的样品来确定最近参照样品；(4)基于K最近参照样品的已知类别来确定受试者的类别。

8.权利要求7的方法，其中K-最近邻居分析中的参数K为4、5、6、7、8、9、10、11、12、或13。

9.权利要求1-8任一项的方法，其中所述抗CD40抗体治疗是用激动性抗CD40抗体进行的治疗。

10.权利要求9的方法，其中所述激动性抗CD40抗体刺激CD40且增强CD40和CD40配体之间的相互作用。

11.权利要求9的方法，其中所述激动性抗CD40抗体包含SEQ ID NO：1所示重链氨基酸序列和SEQ ID NO：2所示轻链氨基酸序列。

12.权利要求9的方法，其中所述激动性抗CD40抗体刺激CD40且不增强或抑制CD40和CD40配体之间的相互作用。

13.权利要求1-12任一项的方法，其中所述B细胞淋巴瘤是弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)。

14.权利要求1-12任一项的方法，其中所述B细胞淋巴瘤是非何杰金氏淋巴瘤。

15.权利要求14的方法，其中所述非何杰金氏淋巴瘤是滤泡性淋巴瘤、套细胞性淋巴瘤、边缘区淋巴瘤、或小淋巴细胞性淋巴瘤。

16.权利要求1-15任一项的方法，其中所述样品是福尔马林固定、石蜡包埋的活检样品。

17.权利要求1-16任一项的方法，其中所述一种或多种标志物基因的表达水平是通过所述一种或多种标志物基因的RNA转录物水平测量的。

18.权利要求17的方法，其中所述RNA转录物是通过qRT-PCR测量的。

19.权利要求17的方法，其中所述RNA转录物是通过微阵列测量的。

20.权利要求1-16任一项的方法，其中所述一种或多种标志物基因的表达水平是通过所述一种或多种标志物基因的蛋白质表达水平测量的。