[发明专利]用于生成rRNA除尽的样本或者用于从样本分离rRNA的方法、组合物和试剂盒

说明书

本申请要求2009年8月14日提交的序列号为61/234,044的美国临时申请的优先权，所述美国临时申请以引用方式全部并入本文。

发明领域

本发明涉及用于生成rRNA除尽的样本以及用于从样本分离rRNA的方法、组合物和试剂盒。具体地，本发明提供组合物，所述组合物包含亲和标记的反义rRNA分子，所述反义rRNA分子显示与rRNA基因编码的至少一种全长rRNA分子的大体上所有的分子互补的序列(例如包含亲和标记的反义rRNA分子的组合物，所述反义rRNA分子显示的序列单独或组合地与选自28S、26S、25S、18S、5.8S和5S真核细胞质rRNA分子，12S和16S真核线粒体rRNA分子以及23S、16S和5S原核rRNA分子的至少一种rRNA分子的大体上所有的分子或者完整序列互补)，并提供方法，所述方法用于利用这类组合物以生成rRNA除尽的样本或者从样本分离rRNA。

发明背景

由于rRNA占细胞内RNA的约95％至约98％，它的存在会使得样本中其他相关RNA分子的各类分析(例如，通过阵列或者微阵列的基因表达分析、制自样本中一种或多种类型的RNA分子的标记cDNA分子的下一代测序(例如利用被称为“RNA-seq”的大规模并行数字测序方法)，等等)复杂化。由rRNA所引起的诸多问题是对片段化的相关RNA分子进行分析的难题。例如，寻求用于从福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)的组织切片中去除降解rRNA的更好方法便是本领域一个重大的持续存在的问题。如果可得到更好的方法以从样本(例如得自FFPE的样本)去除降解的rRNA，认为大量的临床标本(针对其的各种疾病和各种治疗方法的医疗成果被记录在医病案中)将提供与识别多种疾病(如癌症)的病因、保健、响应、诊断或者预后中涉及的RNA相关的极有价值的信息。进一步地，用于从相关的非rRNA RNA分子去除rRNA(包括降解的rRNA)的更好的方法将极大地改善包含故意降解RNA作为具体方法(如Ingolia等人的方法，Science 324：218-23，2009，其以引用方式并入本文)的一部分的诸多方法的实用性和成功率。

发明概述

本发明提供用于生成rRNA除尽的样本或者用于从样本分离rRNA的方法、组合物和试剂盒。具体地，本发明提供用于生成包含亲和标记的反义rRNA分子的组合物的方法、包含这类组合物的试剂盒以及用于利用这类组合物以生成rRNA除尽的样本或者从样本分离rRNA(例如用于进一步的分析以及用途)的方法。

在某些实施方式中，本发明提供用于生成一种组合物的方法，所述组合物包含亲和标记的反义rRNA分子，所述反义rRNA分子显示的序列单独或组合地与选自28S、26S、25S、18S、5.8S和5S真核细胞质rRNA分子，12S和16S真核线粒体rRNA分子以及23S、16S和5S原核rRNA分子的至少一种rRNA分子的完整序列互补，其中所述组合物用于一种用于生成rRNA除尽的样本或者用于从样本分离rRNA的方法。在某些实施方式中，所述组合物包含亲和标记的反义rRNA分子，所述反义rRNA分子显示的序列单独或组合地与选自来自一种或者多种细胞或者生物体的28S、26S、25S、18S、5.8S和5S真核细胞质rRNA分子，12S和16S真核线粒体rRNA分子以及23S、16S和5S原核rRNA分子的多种不同的rRNA分子互补。在某些实施方式中，本发明提供用于将包含亲和标记的反义rRNA分子的组合物用于生成rRNA除尽的样本和/或用于从样本分离rRNA的方法。