[发明专利]细胞网络分析

权利要求书

1.一种测定个体状态的方法，所述方法包括：

a)使来自所述个体的第一细胞群体的第一细胞至少与第一调节剂进行接触；

b)使来自所述个体的不同的第二细胞群体的第二细胞至少与第二调节剂进行接触；

c)在所述第一细胞和所述第二细胞内测定至少一种可激活元件的激活水平；

d)为所述个体创建包含来自所述第一细胞的所述可激活元件和来自所述第二细胞的所述可激活元件的所述测定的激活水平的响应表单；

e)根据所述响应表单确定所述第一细胞和所述第二细胞之间的因果关联，其中所述因果关联是细胞网络状态的指征；

f)对所述响应表单和/或所述细胞网络状态应用分类器，其中所述分类器包括一组激活水平值，并且其中所述分类器被用于测定所述响应表单和/或细胞网络是否与状态相关联；以及

f)辨识所述个体的状态，其中所述辨识使用所述分类器根据所述响应表单和/或细胞网络与状态之间的所述关联而进行。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法进一步包括根据所述响应表单产生分类数值，其中所述分类数值明确了所述个体是否与所述个体的状态相关联。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一调节剂和所述第二调节剂选自生长因子、丝裂原、细胞因子、趋化因子、粘附分子调节剂、激素、小分子、多核苷酸、抗体、天然化合物、内酯、化疗剂、免疫调节剂、碳水化合物、蛋白酶、离子、活性氧物质和放射物。

4.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一调节剂与所述第二调节剂相同。

5.根据权利要求4所述的方法，其中所述第一细胞的所述接触与所述第二细胞的所述接触在同一培养物中进行。

6.根据权利要求1至3所述的方法，其中所述第一调节剂不同于所述第二调节剂，并且所述第一细胞的所述接触与所述第二细胞的所述接触在分开的培养物中进行。

7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一细胞的所述接触和/或所述第二细胞的所述接触在所述第一细胞和/或第二细胞从所述个体中分离之前进行。

8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述激活水平基于选自下列的激活状态：细胞外蛋白酶暴露、新异寡聚体形成、糖基化状态、磷酸化状态、乙酰化状态、甲基化状态、生物素化状态、谷氨酰化状态、甘氨酰化状态、羟基化状态、异构化状态、异戊烯化状态、豆蔻酰化状态、脂化状态、磷酸泛酰巯基乙胺基化状态、硫酸化状态、ISG化状态、亚硝基化状态、棕榈酰化状态、SUMO化状态、泛素化状态、类泛素化状态、瓜氨酸化状态、脱酰胺基状态、二硫键形成状态、蛋白酶水解切割状态、转位状态、蛋白质周转中的变化、多蛋白复合物状态、氧化状态、多脂质复合物、以及细胞膜的生化变化。

9.根据权利要求8所述的方法，其中所述激活状态是磷酸化状态。

10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述可激活元件选自蛋白质、碳水化合物、脂质、核酸和代谢物。

11.根据权利要求10所述的方法，其中所述可激活元件是具有磷酸化状态和/或去磷酸化状态的蛋白质。

12.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括在所述第一细胞和/或所述第二细胞内测定一种或更多种细胞表面标记物、细胞内标记物或其组合的存在与否。

13.根据权利要求12所述的方法，其中所述细胞表面标记物和所述细胞内标记物独立地选自蛋白质、碳水化合物、脂质、核酸和代谢物。

14.根据权利要求12所述的方法，其中对一种或更多种细胞表面标记物或细胞内标记物存在与否的所述测定包括对所述细胞表面标记物或所述细胞内标记物的激活和非激活状态下的表位的存在与否均进行测定。

15.根据权利要求12所述的方法，其中所述个体的状态基于所述可激活元件的激活水平以及基于所述一种或更多种细胞表面标记物、细胞内标记物或其组合的存在与否两者。

16.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述激活水平通过一种方法进行测定，该方法包括与特异于所述特定可激活元件的特定激活状态的结合元件相结合。

17.根据权利要求16所述的方法，其中所述结合元件包括抗体。