[发明专利]用于鉴定患者是否将是免疫治疗的反应者的方法

权利要求书

1.一种将患者表征为治疗的反应者或非反应者的方法，所述方法包括下述步骤：

(a)分析患者来源的样品中表1的一个或多个基因的基因产物的差别表达，和

(b)基于步骤(a)的结果，将样品的来源患者表征为反应者或非反应者，

其中通过参照或对比标准或训练集，或使用从标准或训练集得到其参数的算法，进行表征步骤。

2.一种治疗患者的方法，所述方法包括下述步骤：

(a)得到患者来源的样品中表1的一个或多个基因的基因产物的差别表达的分析结果，其中所述结果将患者表征为免疫治疗的反应者或非反应者，且其中通过参照或对比标准或训练集，或使用从标准或训练集得到其参数的算法，进行表征步骤；和

(b)如果所述患者被表征为免疫治疗的反应者，则选择所述患者进行适当免疫治疗的至少一种施用。

3.一种测定患者是否是免疫治疗的反应者或非反应者的方法，所述方法包括下述步骤：

(a)得到患者来源的样品；和

(b)分析患者来源的样品中表1的一个或多个基因的基因产物的差别表达，其中所得结果确定所述患者是否被表征为免疫治疗的反应者或非反应者，且通过参照或对比标准或训练集，或使用从标准或训练集得到其参数的算法，进行表征步骤。

4.在根据权利要求1-3中的任一项中要求保护的方法，其中表1的一个或多个基因是在表1中列出的至少63个基因或在表2、5或7中指出的基本上所有的基因。

5.一种将患者表征为治疗的反应者或非反应者的方法，所述方法包括：分析患者来源的样品中被表1中列出的一个或多个探针集合识别的基因产物，所述探针集合的靶序列显示在表3中，

其中通过参照或对比标准或训练集，或使用从标准或训练集得到其参数的算法，进行表征步骤。

6.在权利要求5中要求保护的方法，其中表1的一个或多个探针集合是在表1中列出的探针集合中的至少74个，或表2、5或7中的基因的所有探针集合。

7.在权利要求1或3-6中任一项所定义的方法，所述方法包括下述额外步骤：鉴定患者为反应者，并选择所述患者进行治疗。

8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述标准是来自一位或多位患者的患者来源的一份或多份样品，其各自具有已知的临床结果。

9.根据权利要求1-8中任一项所述的方法，其中所述疗法或治疗是癌症免疫治疗，优选针对黑素瘤和/或肺癌的癌症免疫治疗。

10.根据权利要求9所述的方法，其中所述癌症免疫治疗是MAGE。

11.根据权利要求10所述的方法，其中所述MAGE免疫治疗是MAGE A3免疫治疗。

12.根据权利要求1-11中任一项所述的方法，其中表1的一个或多个基因是在表1中列出的至少63个、至少68个、至少70个、至少75个、至少80个或基本上所有的基因和/或它们的任意组合。

13.根据权利要求5-11中任一项所述的方法，其中表1的一个或多个探针集合是在表1中列出的至少74个、至少75个、至少80个、至少85个、至少90个或所有的探针集合和/或它们的任意组合。

14.根据权利要求1-13中任一项所述的方法，其中所述一个或多个基因与它们的正常表达相比被增量调节。

15.根据权利要求1-14中任一项所述的方法，其中至少80％的所述基因与它们的正常表达相比被增量调节。

16.根据权利要求1-15中任一项所述的方法，所述方法另外包括下述步骤：测定所述基因产物是否被增量调节和/或减量调节。

17.根据权利要求16所述的方法，其中所述基因产物被增量调节和/或减量调节的测定指示反应者。

18.根据权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述基因是免疫相关基因。

19.根据任一项前述权利要求所述的方法，所述方法包括：探针用于鉴定一种或多种基因产物的用途。

20.根据任一项前述权利要求所述的方法，所述方法包括：微阵列试剂盒或PCR用于分析基因表达的用途。