[发明专利]用于检测与癌症和其他疾病相关的染色体异常的多重(+/-)链阵列和测试

权利要求书

1.一种用于检测染色体重排的方法，包括：接收DNA样品，并通过比较基因组杂交，使用正（+）链DNA探针和负（-）链DNA探针的阵列，分析所述DNA样品的染色体重排。

2.如权利要求1所述的方法，其中至少一些所述正（+）链DNA探针每个都有相应的负（-）链DNA探针，其中正（+）链DNA与相应的负（-）链DNA探针是彼此的互补对等物。

3.如权利要求2所述的方法，其中正（+）链DNA探针和相应的负（-）链DNA探针为分析基因组基因座上的至少部分DNA序列的染色体重排提供了互补杂交靶标。

4.如权利要求1所述的方法，还包括将所述正（+）链DNA探针和所述负（-）链DNA探针处的杂交结果可视化为可定义基因组基因座处的一个或者多个染色体重排的单独的分析结果。

5.如权利要求1所述的方法，其中分析所述DNA样品包括使用阵列进行阵列分析，所述阵列包括作为单独的杂交靶标的离散的正（+）链DNA探针和离散的负（-）链DNA探针。

6.一种用于检测染色体重排的方法，包括：

接收个体DNA样品；

接收对照DNA样品；

将引物加入到所述个体DNA样品和所述对照DNA样品中，以用于扩增染色体区域；

扩增所述个体DNA样品，以产生代表所述染色体区域的个体DNA正（+）链和个体DNA负（-）链，包括扩增的个体DNA和未扩增的个体DNA的个体DNA产物内含有个体DNA正（+）链和个体DNA负（-）链；

用至少一个第一标记来标记个体DNA产物的正（+）链和负（-）链，以提供标记的个体DNA产物；

扩增所述对照DNA样品，以产生代表所述染色体区域的对照DNA正（+）链和对照DNA负（-）链，包括扩增的对照DNA和未扩增的对照DNA的对照DNA产物内含有对照DNA正（+）链和对照DNA负（-）链；以及

用至少一个第二标记来标记所述对照DNA产物的正（+）链和负（-）链，以提供标记的对照DNA产物。

7.如权利要求6所述的方法，还包括将正（+）链DNA杂交靶标和负（-）链DNA杂交靶标连接到单个比较基因组杂交（CGH）阵列，用于同时检测下述中的一个或多个：

具有诊断意义的所述染色体区域的平衡易位；

与所检测到的平衡易位相关的易位伙伴基因；

拷贝数增加；和

拷贝数丢失。

8.如权利要求7所述的方法，还包括将微RNA连接到所述CGH阵列上，作为杂交靶标。

9.如权利要求7所述的方法，还包括分析所述个体DNA样品，其中所述分析包括将所述标记的个体DNA产物和所述标记的对照DNA产物与所述CGH微阵列杂交，所述CGH微阵列包括与多个基因组基因座对应的多个正（+）链DNA杂交靶标和负（-）链DNA杂交靶标。

10.如权利要求9所述的方法，还包括通过至少一个相互互补DNA杂交靶标检测在基因组基因座中的DNA拷贝数变化。

11.如权利要求9所述的方法，还包括通过所述正（+）链DNA杂交靶标或所述负（-）链DNA杂交靶标之一检测疾病状况。

12.如权利要求9所述的方法，还包括通过一个所述正（+）链DNA杂交靶标或一个所述负（-）链DNA杂交靶标来检测所述个体DNA样品基因组基因座中的平衡染色体易位。

13.如权利要求12所述的方法，还包括识别与所述平衡染色体易位相关的易位伙伴基因。

14.如权利要求12所述的方法，其中检测所述个体DNA样品基因组基因座中的平衡染色体易位包括，检测所述微阵列上的杂交模式，所述模式表示下述中的一个或者多个：

代表所述基因组基因座的DNA序列中的易位断点之后或附近的个体DNA荧光信号下降；

在代表所述阵列上的易位伙伴基因的一个或多个DNA杂交靶标处，个体DNA荧光信号相应增加；以及

所述相应对照DNA的荧光信号没有相应的减少和增加。