[发明专利]用于检测结肠直肠癌诊断用的结肠直肠癌特异性甲基化标志物基因的甲基化的方法

权利要求书

1.一种检测用于结肠直肠癌诊断的结肠直肠癌特异性甲基化标志物基因的甲基化的方法，所述方法包括步骤：

（a）制备包含DNA的临床样品；以及

（b）检测所述临床样品DNA中至少一个如下基因的CpG岛的、或所述至少一个基因的启动子CpG岛的甲基化：

(i)SDC2(NM_002998,多配体蛋白聚糖2);

(ii)SIM1(NM_05068,单意同源物1(果蝇);以及

(iii)SORCS3(NM_014978,分拣蛋白相关的含VPS10域的受体3)。

2.权利要求1的所述方法，其中步骤（b）通过检测所述基因的内含子区域中CpG岛的甲基化来实施。

3.权利要求1的所述方法，其中步骤（b）通过检测包含SEQ ID NO：1核苷酸序列的SDC2基因的内含子区域中CpG岛的甲基化来实施。

4.权利要求1的所述方法，其中步骤（b）通过检测包含SEQ ID NO：2核苷酸序列的SIM1基因的启动子区域中CpG岛的甲基化来实施。

5.权利要求1的所述方法，其中步骤（b）通过检测包含SEQ ID NO：3核苷酸序列的SORCS3基因的内含子区域中CpG岛的甲基化来实施。

6.权利要求1的所述方法，其中步骤（b）通过选自由PCR、甲基化特异性PCR、实时甲基化特异性PCR、利用甲基化DNA特异性结合蛋白的PCR试验、定量PCR、基于DNA芯片的试验、焦磷酸测序以及亚硫酸盐测序组成的组中的方法来实施。

7.权利要求1的所述方法，其中所述临床样品选自由来自疑似癌症患者或待诊断对象的组织、细胞、血液、血浆、粪便以及尿液组成的组。

8.一种用于诊断结肠直肠癌的组合物，所述组合物包含至少一个如下基因的CpG岛或所述至少一个基因的启动子的CpG岛：

(i)SDC2(NM_002998,多配体蛋白聚糖2);

(ii)SIM1(NM_05068,单意同源物1(果蝇);以及

(iii)SORCS3(NM_014978,分拣蛋白相关的含VPS10域的受体3)。

9.权利要求8的所述组合物，其中所述CpG岛位于所述基因的内含子区域中。

10.权利要求8的所述组合物，其中所述CpG岛位于包含SEQ ID NO：1核苷酸序列的SDC2基因的所述内含子区域中。

11.权利要求8的所述组合物，其中所述CpG岛位于包含SEQ ID NO：2核苷酸序列的SIM1基因的所述启动子区域中。

12.权利要求8的所述组合物，其中所述CpG岛位于包含SEQ ID NO：3核苷酸序列的SORCS3基因的所述内含子区域中。

13.用于诊断结肠直肠癌的试剂盒，所述试剂盒包含：

用于扩增包含至少一个如下基因的CpG岛的、或所述至少一个基因的启动子的CpG岛的片段的PCR引物对；以及

用于对通过所述引物对扩增的PCR产物进行焦磷酸测序的测序引物：

(i)SDC2(NM_002998,多配体蛋白聚糖2);

(ii)SIM1(NM_05068,单意同源物1(果蝇);以及

(iii)SORCS3(NM_014978,分拣蛋白相关的含VPS10域的受体3)。

14.权利要求13的所述试剂盒，其中所述PCR引物对选自由SEQ ID NO:12和13引物对、SEQ ID NO:14和15引物对以及SEQ ID NO:16和17引物对组成的组。

15.权利要求13的所述试剂盒，其中所述测序引物选自由SEQ ID NO:22到24的引物组成的组。

16.用于诊断结肠直肠癌的核酸芯片，所述芯片上固定有探针，所述探针能与包含至少一个如下基因的CpG岛的、或所述至少一个基因的启动子的CpG岛的片段在严格条件下杂交：

(i)SDC2(NM_002998,多配体蛋白聚糖2);

(ii)SIM1(NM_05068,单意同源物1)(果蝇);以及

(iii)SORCS3(NM_014978,分拣蛋白相关的含VPS10域的受体3)。

17.权利要求16的所述核酸芯片，其中所述探针选自由SEQ ID NO:33到44所示的碱基序列组成的组。