[发明专利]评价牛个体中与脂肪大理石纹相关的遗传能力的基因标记

说明书

技术领域

本发明涉及评价牛个体中与脂肪大理石纹相关的遗传能力的标记和使用该标记的评价与脂肪大理石纹相关的遗传能力的方法。

背景技术

牛的肉质或带骨肉重量是直接关系价格的经济性状。尤其是，脂肪大理石纹被认为是脂肪蓄积在肌肉组织内的状态，认为脂肪呈霜状又细又浓密地存在于其中是好的，它对柔软度等肉质有大的影响。对于如何评价与这种肉质或带骨肉重量相关的遗传能力，是否有利于牛的改良，人们提出了根据育种值进行的方法等，并正在使用。

人们认为肉质或带骨肉重量是与多个基因相关的量的性状。要是能够鉴定出对肉质或带骨肉重量有较大影响的基因或基因组区域(QTL)，能够判断优良的基因型，就可以在牛改良中对其进行利用。

到目前为止，已经报道了通过使用日本黑牛(黒毛和種)种雄牛的父方半亲同胞的家系的QTL分析，发现在牛4号染色体上存在对脂肪大理石纹有影响的基因组区域(参照非专利文献1)。此后，在其它的日本黑牛种雄牛中4号染色体上的相同区域发现了脂肪大理石纹QTL，通过单倍型比较和关联分析，弄清楚了该QTL存在于46cM附近的3.7Mb的区域内(参照非专利文献2)。

现有技术文献

【非专利文献】

【非专利文献1】Mizoguchi et al.(2006)Animal Genetics 37，51-54

【非专利文献2】Yokouchi et al.(2009)Animal Genetics 40，945-951

发明内容

发明要解决的问题

但是，实际上，由于不清楚究竟哪个遗传信息承担着优良型遗传性状，因此在评价牛个体中与脂肪大理石纹相关的遗传能力时，无法使用基因型等遗传信息。

因此，本发明的目的在于提供评价牛个体中与脂肪大理石纹相关的遗传能力的标记和使用该标记的评价与脂肪大理石纹相关的遗传能力的方法。

用于解决问题的方法

本发明人通过详细分析牛4号染色体上的影响脂肪大理石纹的基因组区域，发现位于牛pantophysin基因的5’上游域的SNP(单核苷酸多态)中，S1部位(SNP27)中的SNP对脂肪大理石纹有影响，因此，含有S1部位且S1部位中的碱基是A的DNA可用作使脂肪大理石纹增加的基因标记。此外，SNP29、SNP30、ARS-BFGL-NGS-20161、BTB-00183730、BTA-70505-no-rs各SNP与S1部位的SNP处于连锁不平衡，而且，在S1部位的碱基为A的牛个体的肌肉间脂肪组织中，pantophysin基因的表达量相对变高，由此明了S1部位是QTL的责任SNP，从而完成了本发明。

这里，本说明书中所谓S1部位(SNP27)是对应于牛基因组序列(Btau4.0)4号染色体的第49100585位的位置，是对应于序列号1中牛pantophysin基因外显子1的5’上游侧第718位的位置。

此外，SNP29是对应于牛基因组序列(Btau4.0)4号染色体的第49101189位的位置，是对应于序列号1中牛pantophysin基因外显子1的5’上游侧第1322位的位置。

SNP30是对应于牛基因组序列(Btau4.0)4号染色体的第49101317位的位置，是对应于序列号1中，牛pantophysin基因外显子1的5’上游侧第1450位的位置。

ARS-BFGL-NGS-20161(NCBI AssayID：ss86290215)是对应于牛基因组序列(Btau4.0)4号染色体的第49036518位的位置，是对应于序列号2中，牛pantophysin基因外显子7的3’下游侧第27348位的位置。

BTB-00183730(NCBI Reference SNP：rs43398415)是对应于牛基因组序列(Btau4.0)4号染色体的第49109714位的位置，是对应于序列号3中，牛pantophysin基因的外显子1的5’上游侧第9847位的位置。

BTA-70505-no-rs(NCBI Reference SNP：rs41602690)是对应于牛基因组序列(Btau4.0)4号染色体的第49147499位的位置，是对应于序列号4中，牛pantophysin基因外显子1的5’上游侧第47632位的位置。