[发明专利]检测拷贝数变异的方法和装置

权利要求书

1.一种检测拷贝数变异的方法，其特征在于，包括：

在对每个样本进行高通量测序后，对测序所得的每个样本序列分别进行过滤，以去除掉不合格的序列和接头序列，其中，样本包括目标样本和对照样本；

将过滤后的每个样本序列分别比对到参考基因组序列，对比对后的每个样本序列分别进行筛选以得到唯一比对的样本序列，确定每个唯一比对的样本序列相对于所述参考基因组序列的位置信息，并对位置信息进行排序；

根据唯一比对的对照样本序列确定初始变点阈值和候选变点阈值；

根据所述初始变点阈值确定唯一比对的目标样本序列与唯一比对的对照样本序列间的目标样本拷贝数变异变点初始集；

根据所述候选变点阈值通过迭代法合并所述目标样本拷贝数变异变点初始集，以得到目标样本拷贝数变异候选区域；

根据设定的拷贝数比率阈值从所述目标样本拷贝数变异候选区域中过滤出目标样本的拷贝数变异区域。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述根据唯一比对的对照样本序列确定初始变点阈值和候选变点阈值的步骤包括：

将唯一比对的对照样本序列随机分为两部分，并确保分割后的第一对照样本序列和第二对照样本序列均包含全部的基因组信息；

根据设定的变点初始集参数确定第一对照样本序列和第二对照样本序列间的对照样本拷贝数变异变点初始集，将所述对照样本拷贝数变异变点初始集中最小拷贝数比率差异对应的P值设置为所述初始变点阈值，并去除所述第一对照样本序列和所述第二对照样本序列中未被所述对照样本拷贝数变异变点初始集选中的位点信息；

根据设定的变点集参数通过迭代法合并所述对照样本拷贝数变异变点初始集，并将合并后的对照样本拷贝数变异变点集中最小拷贝数比率差异对应的P值设置为所述候选变点阈值。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，根据所述初始变点阈值确定唯一比对的目标样本序列与唯一比对的对照样本序列间的目标样本拷贝数变异变点初始集的步骤包括：

将唯一比对的目标样本序列和唯一比对的对照样本序列比对到所述参考基因组序列，根据唯一比对的对照样本序列确定与所述参考基因组比对上的起始位点集；

根据设定的窗长滑动计算所述起始位点集中每个位点的拷贝数比率差异对应的P值；

在所述起始位点集中，选取拷贝数比率差异对应的P值小于所述初始变点阈值的位点，将所选出的位点构成的集合作为所述目标样本拷贝数变异变点初始集，并去除所述唯一比对的对照样本序列和所述唯一比对的目标样本序列中未被选取的位点信息。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，根据所述候选变点阈值通过迭代法合并所述目标样本拷贝数变异变点初始集，以得到目标样本拷贝数变异候选区域的步骤包括：

在所述目标样本拷贝数变异变点初始集中，以各变点间区域为窗口计算所述唯一比对的目标样本与唯一比对的对照样本间的拷贝数比率差异对应的P值；

将所述目标样本拷贝数变异变点初始集中每个变点对应的P值进行排序，去除P值最大的变点信息，重新计算所去除的P值最大的变点的左右两个变点对应的P值，再去除所述目标样本拷贝数变异变点初始集中所剩变点中P值最大的变点信息，直至所剩变点中对应的最大P值小于所述候选变点阈值或不存在变点。

5.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述根据设定的变点初始集参数确定第一对照样本序列和第二对照样本序列间的对照样本拷贝数变异变点初始集的步骤包括：

将第一对照样本序列和第二对照样本序列比对到所述参考基因组序列，根据第一对照样本序列或第二对照样本序列确定与所述参考基因组比对上的起始位点集；

根据设定的窗长滑动计算所述起始位点集中每个位点对应的P值；

对所述起始位点集中每个位点对应的P值按从小到大的顺序排序；

根据设定的变点初始集参数按照P值从小到大的顺序选取位点，每选取一个位点，将所选取位点的左右窗口中的所有位点对应的P值设置为1，并将选取的位点作为所述对照样本拷贝数变异变点初始集中的变点元素。