[发明专利]与猪免疫性状相关的EHMT2基因片段克隆及作为分子标记的应用

说明书

技术领域

本发明属于家畜基因工程技术领域，具体涉及一种作为猪标记辅助选择应用的与猪免疫性状相关的分子标记的克隆及应用。 

背景技术

近年来，由于各种动物疾病在世界范围内严重暴发，药物及其有害物质残留影响动物食品安全和环境，动物抗病遗传育种越来越受到重视，已成为动物育种的重要目标。而且随着分子生物学和生物信息学的发展，使利用分子抗病育种技术快速有效培育抗病新品种成为可能，为提高动物抗病力开辟了一条新的途径。分子标记辅助选择是目前有效的抗病育种技术，转基因技术培育抗病新品种将具有广泛的应用前景。 

组蛋白是染色质的核心，具有重要生物学功能。EHMT2属于组蛋白赖氨酸甲基化转移酶Suv39家族成员，该家族成员含有高度保守的SET同源结构域，是一段由130个氨基酸残基组成的肽链，其N端和C端各自盘曲回旋成不向邻近的空间构象：3-4个短的β折叠、一个短螺旋及几个环将这些结构连接起来。绝大多数SET的C端局部形成一个拓扑学上不寻常的“假结”样结构。SET结构域对于维持组蛋白甲基化转移酶活性是必需的。EHMT2主要作用与H3K9位赖氨酸的甲基化，发挥转录抑制作用。EHMT2基因由23个外显子和22内含子组成，定位在第7号染色体。组蛋白的尾部乙酰化、磷酸化、甲基化、泛素化等共价修饰组成组蛋白密码，调节许多生物学事件。近年来研究表明组蛋白赖氨酸甲基化在基因表达调控、X染色体失活、基因组印迹、DNA修补中起到重要作用。Lee(2010)研究敲除EHMT2基因的小鼠，发现胚胎在发育早期阶段死亡，由于组蛋白H3-K9不能发生甲基化，从而使小鼠胚胎在发育早期阶段死亡，表明EHMT2在早期胚胎发育是必需的。目前对EHMT2的研究主要集中与人和鼠类的研究，而在猪上的研究尚未发现(Lee JS等，Negative regulation of hypoxic responses via induced Reptin methylation.Mol Cell，2010，39(1)：71-85)。 

现有研究表明性状相关SNP标记绝大多数处在功能基因DNA序列中，陆续一些研究筛选出更多与猪遗传基础相关的抗病力有较好关联的候选基因来，有助于筛选新的分子标记和培育抗病品种。 

但是目前国内外对EHMT2基因的研究主要集中在人和小鼠的生物学功能，对猪EHMT2基因多态性还没有报道，迄今为止没有研究猪EHMT2基因与猪免疫力相关的分子标记。因此，申请人克隆了与猪免疫力相关EHMT2基因的第27内含子部分序列，利用该序列进行了多态性和关联分析，以期得到新的作为猪免疫力相关的分子标记。 

发明内容

本发明的目的在于克隆与猪免疫力相关的分子标记，利用该分子标记作为猪标记辅助选择的应用。 

本发明通过以下技术方案实现： 

申请人克隆得到一种作为分子标记应用的与猪免疫力相关的EHMT2基因片段，它的核苷酸序列如下所示：ccaagagtcctcattcctaacaagctcctgggcagcgctggggctgtaggtgcagagagcataggagggctcagagccc(a/c)gctgaagatggggacagatg；(该序列见序列表SEQ ID NO：2所述。括号内碱基突变位置及碱基的替换，下划线为83位引入一个错配的碱基t)

在所述序列的80bp处有一个80A-80C的碱基替换，在该序列的第83位引入一个错配的碱基t，导致PvuII-RFLP多态性。 

检测上述基因片段碱基突变的引物对，其核苷酸序列如下所示： 

正向引物：5’-ccaagagtcctcattcctaaca-3’(见序列表SEQ ID NO：3)

反向引物：5′-gcTgaagatggggacagatg-3′(原序列第3位的a错配成T，以大写字母表示，见序列表SEQ ID NO：4所示) 

申请人建立一种制备上述分子标记和检测上述分子标记的方法，该方法的步骤如下：