[发明专利]利用RT-LAMP方法快速检测飞虱体内水稻黑条矮缩病毒

说明书

技术领域

本发明涉及飞虱体内水稻黑条矮缩病毒的快速检测技术及其在病害诊断和测报上的应用，属于农业科学技术领域。

背景技术

水稻黑条矮缩病毒(Rice black-streaked dwarf virus，RBSDV)，是水稻上一种危害严重的病毒病，隶属于植物呼肠孤病毒科斐济病毒属(Fijivirus)，病毒粒体球状，主要由灰飞虱传播，田间症状前期主要表现为植矮缩，叶片浓绿，后期在叶片、叶鞘及茎杆上出现蜡滴状突起，而后形成黑条，对水稻的产量影响很大，重病田甚至可导致无产量。该病毒除侵染水稻外，还可侵染玉米(玉米粗缩病)、小麦(小麦绿矮)及多种禾本科杂草。1963和1966年在中国江苏、上海、浙江一带流行，90年代在我国许多玉米和水稻产区爆发流行，造成了严重损失。近年来该病在江浙地区蔓延发生，且呈日渐严重的趋势，2008年仅江苏省发病面积就达400万亩，致使当地的水稻生产损失严重。

2007年以来在广东和海南等省新发生一种水稻病毒病，田间症状与水稻黑条矮缩病毒极其相似，对其基因组序列进行测定后发现其与水稻黑条矮缩病毒存在较大差异(两者的S9和S10片段的同源性仅仅为75％和80％)，定名为南方水稻黑条矮缩病毒(Southern rice black-streaked dwarf virus，SRBSDV)，该病毒也属于植物呼肠孤病毒科斐济病毒属(Fijivirus)，病毒粒体球状，基因组由10条双链RNA组成，传播介体主要为白背飞虱，灰飞虱也可传播，田间症状表现为植株矮缩、叶色深绿、叶背及茎秆出现条状乳白色或深褐色小突起，寄主除水稻外还包括玉米及多种杂草。近年来该病长江下游地区蔓延发生，且呈日渐严重的趋势，2009年南方水稻黑条矮缩病毒全国发生面积达300万亩，2010年迅速上升至1900万亩，仅湖南省就发生近1000万亩，绝收面积8万亩，给水稻生产带来了巨大的损失。

由于两种病毒在症状、粒体形状、传播介体及寄主等方面非常相似，由此也给其诊断及鉴定造成了困难。目前在植物病毒鉴定识别上常采用的方法有：生物学接种实验，血清学检测，电镜观察及分子生物学检测。由于这两种病毒的在很多方面都具有非常接近的特性，因此传统的植物病毒检测方法，如电镜观察(病毒粒子大小形状相近)、传统的生物学接种鉴定(症状、介体、寄主范围相近)、血清学检测(序列仍有较高的同源性)等方法都很难区分。环介导恒温核酸扩增技术(loop-mediated isothermal amplification，LAMP)，是由Notomi T等在2000年发明的一种新颖的恒温核酸扩增方法，它是一种高灵敏的链置换技术，一种新型的PCR替代技术。LAMP特点是针对靶基因的6个区域设计了4个特异引物，利用一种链置换DNA聚合酶——Bst(Bacilluss tearothermophilus)DNA polymerase在恒温(65℃)的条件下反应1小时即可完成核酸扩增反应，通过荧光染色直接目测比色就可以得到清晰的反应结果。不需要长时间的温度循环，不需要PCR等昂贵的仪器，不需要繁琐的电泳紫外观察等过程。目前已广泛应用于人类和动植物各种病毒、细菌、寄生虫等引起的疾病检测和快速诊断。

发明内容

本发明提供了一种快速检测飞虱体内水稻黑条矮缩病毒的方法，通过该方法可以快速诊断出飞虱是否携带水稻黑条矮缩病毒。

本发明所提供的一种快速检测植株上水稻黑条矮缩病毒的方法，是通过以下方法获得的：

1)根据NCBI已报道的水稻黑条矮缩病毒S10核苷酸序列，通过软件DNAstar分析后选择相对保守区域950-1467bp，利用AY050488.1上的对应区域通过在线LAMP引物设计软件primerExplorer V4设计4条引物，其中包括2条外引物F3/B3和2条内引物FIP/BIP。

2)Trizol reagent法提取植株总RNA；

3)设置不同内外引物浓度比例、Mg²⁺浓度，确定最佳反应体系；分别改变反应时间和温度进行RT-LAMP扩增反应，确定最佳反应条件。

4)在最佳反应参数条件下，以南方水稻黑条矮缩病毒为对照验证这一方法的特异性；

5)与RT-PCR方法进行比较，验证RT-LAMP的可靠性；

6)通过肉眼判断和SYBR GreenI染色对RT-LAMP产物进行可视化处理。

本发明提供的引物序列如下：

F 3GGTACTTCTACTTCTAGTCCTT

B 3CTTTTTTCATGTCCATCAACTT