[发明专利]与谷子刚毛颜色基因紧密连锁的分子标记SIsv0701

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及一种分子标记，特别是涉及一种与谷子刚毛颜色基因紧密连锁的分子标记。本发明还涉及扩增该分子标记的引物、该分子标记和引物在谷子刚毛颜色基因定位或谷子遗传育种中的用途。

背景技术

我国是谷子(Setaria italica L.Beauv.)的原产国，是世界上谷子的集中种植国，谷子在我国的国民经济和社会生产中占有重要的地位。在耕地资源不断减少、水资源日益短缺、平衡膳食热逐渐升温、畜牧业不断发展的形势下，谷子作为一种抗旱耐瘠作物，有着其他作物无法替代的意义和作用。因此，加速谷子的育种进程尤为重要。当前，有关谷子的研究手段和方法还很落后，如何应用先进科学的研究手段搞好谷子育种是一个严峻的问题。随着分子生物学的发展，分子标记技术的出现，为谷子的遗传研究及育种开辟了新的思路和手段。开发具有我国特色的重要性状基因的分子标记并进行辅助选择育种研究，将对提高我国谷子育种水平起到促进作用。

绝大多数品种的谷子都具有刚毛，其长短与品种有关。早在50年代，王伏雄曾系统观察了谷子穗分化的过程，根据刚毛最初出现的原基与普通小穗的原基在三级枝梗上的排列和解剖镜下无明显的形态区别，认为刚毛是退化的小穗形成的。刚毛是早期发生退化的小穗的小穗柄。普通小穗、刚毛、刚毛小穗均系同源器官(郑丕尧，赵明.“谷上谷”生育性状的观察I.穗分化进程与刚毛小穗的发育.作物学报，1989，15(1)：53-58)。谷子刚毛有几种颜色，对控制谷子刚毛颜色的相关基因目前尚无人研究。

发明内容

本发明的目的是提供一种与谷子刚毛颜色基因紧密连锁的分子标记。

本发明的另一目的是提供一种可用于PCR扩增与谷子刚毛颜色基因紧密连锁的分子标记的引物对，以及由该引物对扩增获得的分子标记。

本发明的再一目的是提供上述分子标记在谷子刚毛颜色基因定位、检测以及谷子辅助育种中的用途以及上述分子标记的检测方法。

本发明的目的还包括提供一种包括上述分子标记的载体，以及含有该载体的重组细胞；提供一种包括使用上述分子标记的谷子刚毛颜色基因的定位方法，和使用所述分子标记的谷子辅助育种方法。

为了实现上述目的，本发明采用了以下技术方案：

本发明公开了一种与谷子刚毛颜色基因紧密连锁的分子标记，所述分子标记含有Seq ID No.1所示序列；优选的所述分子标记具有SeqID No.1所示序列。

本发明还公开了一种扩增与谷子刚毛颜色基因紧密连锁的分子标记的引物对，所述引物对的引物1含有Seq ID No.2所示序列，引物2含有Seq ID No.3所示序列；优选的所述引物1具有Seq ID No.2所示序列，引物2具有Seq ID No.3所示序列；

Seq ID No.2：5’-GCTGAGCCGGGAAAGCGAAG-3’；

Seq ID No.3：5’-GATCCTAGGCCCCACATGGT-3’。

本发明还公开了一种与谷子刚毛颜色基因紧密连锁的分子标记，所述分子标记是由上述的引物对以刚毛为红色的谷子基因组DNA为模板经PCR扩增得到的。

优选的由上述引物对扩增得到的分子标记含有Seq ID No.1所示序列。

在本发明的一个实施方案中，所述分子标记(含有Seq ID No.1所示核苷酸序列的DNA片段)为谷子基因组中Seq ID No.1所示核苷酸序列的DNA片段，即所包含的Seq ID No.1的5’端和/或3’端以外的核苷酸序列也是谷子基因组中的序列，优选的，为谷子基因组中Seq ID No.1的5’端和/或3’端的上下游序列。本领域技术人员可以理解，只要扩增或者检测刚毛红色的谷子基因组DNA中的该分子标记，必然能够检测或扩增得到含有Seq ID No.1所示的序列。Seq ID No.1的5’端和/或3’端的上下游序列的长度为适当长度，并不特别限定，例如，满足分子标记的长度小于10,000bp、小于5,000bp、小于2,000bp、小于1,500bp、小于1,200bp、小于1,000bp、或者小于800bp。