[发明专利]与谷子花粉颜色基因紧密连锁的分子标记SIsv0553

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及一种分子标记，特别是涉及一种与谷子花粉颜色基因紧密连锁的分子标记。本发明还涉及扩增该分子标记的引物、该分子标记和引物在谷子花粉颜色基因定位或谷子遗传育种中的用途。

背景技术

我国是谷子(Setaria italica L.Beauv.)的原产国，是世界上谷子的集中种植国，谷子在我国的国民经济和社会生产中占有重要的地位，对旱作生态农业建设有重要意义。因此，加速谷子的育种进程尤为重要。由于谷子只是区域重要性作物，因此当前有关谷子的研究手段和方法相对较落后，如何应用先进科学的研究手段搞好谷子育种是一个严峻的问题。随着分子生物学的发展，分子标记技术的出现，为谷子的遗传研究及育种开辟了新的思路和手段。开发具有我国特色的重要性状基因的分子标记并进行辅助选择育种研究，将对提高我国谷子育种水平起到促进作用。

谷子花粉颜色与谷子成熟后的颗粒颜色色泽以及雄性不育都有一定的相关联。但目前对控制谷子花粉颜色相关基因的研究基本上没有文献报道。

发明内容

本发明的目的是提供一种与谷子花粉颜色基因紧密连锁的分子标记。

本发明的另一目的是提供一种可用于PCR扩增与谷子花粉颜色基因紧密连锁的分子标记的引物对，以及由该引物对扩增获得的分子标记。

本发明的再一目的是提供上述分子标记在谷子花粉颜色基因定位、检测以及谷子辅助育种中的用途以及上述分子标记的检测方法。

本发明的目的还包括提供一种包括上述分子标记的载体，以及含有该载体的重组细胞；提供一种包括使用上述分子标记的谷子花粉颜色基因的定位方法，和使用所述分子标记的谷子辅助育种方法。

为了实现上述目的，本发明采用了以下技术方案：

本发明公开了一种与谷子花粉颜色基因紧密连锁的分子标记，所述分子标记含有Seq ID No.1所示序列；优选的所述分子标记具有SeqID No.1所示序列。

本发明还公开了一种扩增与谷子花粉颜色基因紧密连锁的分子标记的引物对，所述引物对的引物1含有Seq ID No.2所示序列，引物2含有Seq ID No.3所示序列；优选的所述引物1具有Seq ID No.2所示序列，引物2具有Seq ID No.3所示序列；

Seq ID No.2：5’-CAGGATAAACTTCACCAATCG-3’；

Seq ID No.3：5’-CGAACCATTCATATCTGGCT-3’。

本发明还公开了一种与谷子花粉颜色基因紧密连锁的分子标记，所述分子标记是由上述的引物对以花粉黄白色或橙色的谷子基因组DNA为模板经PCR扩增得到的。

优选的由上述引物对扩增得到的分子标记含有Seq ID No.1所示序列。

在本发明的一个实施方案中，所述分子标记(含有Seq ID No.1所示核苷酸序列的DNA片段)为谷子基因组中Seq ID No.1所示核苷酸序列的DNA片段，即所包含的Seq ID No.1的5’端和/或3’端以外的核苷酸序列也是谷子基因组中的序列，优选的，为谷子基因组中Seq ID No.1的5’端和/或3’端的上下游序列。本领域技术人员可以理解，只要扩增或者检测花粉黄白色或橙色的谷子基因组DNA中的该分子标记，必然能够检测或扩增得到含有Seq ID No.1所示的序列。Seq ID No.1的5’端和/或3’端的上下游序列的长度为适当长度，并不特别限定，例如，满足分子标记的长度小于10,000bp、小于5,000bp、小于2,000bp、小于1,500bp、小于1,200bp、小于1,000bp、或者小于800bp。

在本发明的一个实施方案中，所述分子标记(含有Seq ID No.1所示核苷酸序列的DNA片段)所包含的Seq ID No.1的5’端和/或3’端可操作地连接有人工序列和/或控制序列，例如启动子、增强子、终止子、酶切位点、引物序列等等。其中，术语“可操作地”在本发明中定义为一种如下构象，在该构象中，控制序列例如启动子被适当地置于Seq ID No.1的一个位置上，以致该控制序列指导Seq ID No.1编码的多肽的产生。