[发明专利]CYP2E1基因第七号外显子的单核苷酸多态性的检测方法

说明书

技术领域

本发明涉及的是基因技术领域的核酸及其引物和检测方法，具体地讲是一种分离核酸、一种等位基因特异性的核酸引物和一种CYP2E1基因第七号外显子的单核苷酸多态性的检测方法。

背景技术

细胞色素氧化酶P450 2E1(CYP2E1)是细胞色素P450的一个成员。CYP2E1在人类肝微粒体内含量丰富，约占CYP450s总量的7％。人类的CYP2E1基因定位在染色体10q26.3。CYP2E1含有9个外显子和8个内含子，在起始密码子附件具有典型的TATA盒，全长约11.5kb。细胞色素P4502E1是一种膜结合蛋白，分子质量为57kDa，由493个氮基酸组成，主要结合在内质网膜上。CYP2E1主要负责小分子量物质如丙酮、乙醇、乙酸等，以及亚硝酸胺、芳香族类致癌物的代谢活化过程。此外，临床上约有4％的常用药物由CYP2E1催化代谢，它常见的底物有氯唑沙宗、异烟肼、水杨酸类药物等。多数CYP2E1的单核苷酸突变可以影响基因的后续转录和表达，进而改变了酶的结构和活性，这是造成个体差异的主要原因。鉴于CYP2E1在药物代谢中的作用及活性存在个体差异，因此对解决CYP2E1基因多态性的检测和相关问题是现有技术急需解决的技术难题。

对现有文献的检索，未发现有本发明的CYP2E1基因第七号外显子(C1009→T)单核苷酸多态性(SNP)相关的报道。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术中的不足，提供一种CYP2E1基因第七号外显子的单核苷酸多态性的检测方法，同时涉及一种分离核酸、一种等位基因特异性的核酸引物，可用于评估个体患CYP2E1基因的第七号外显子相关疾病的易感性，以及用于CYP2E1基因多态性与临床用药安全关系的研究。

本发明是通过以下技术方案实现的：

本发明涉及一种检测人CYP2E1基因第七号外显子的单核苷酸多态性的方法，它包括步骤：

(a)采用Primer 5.0等相关软件，以GenBank数据库CYP2E1基因(J02843)第七号外显子以及外显子与内含子接合部位序列为模板设计一对等位基因特异性的核酸引物，利用引物对来扩增CYP2E1基因的第七号外显子的DNA序列，对扩增产物进行分离纯化，得到相应分离核酸。

(b)检测在所述位置是否存在单核苷酸多态性。采用一些分析技术可用于检测分离核酸的CYP2E1基因第七号外显子的SEQ ID NO：1所示序列的第1009位核苷酸是否存在单核苷酸多态性，即C→T的碱基突变。

步骤(b)检测多态性时采用的方法包括：DNA测序法、杂交测序法；酶促错配切割法、异源双链分析法、点杂交法、寡核苷酸阵列法、微测序法、Taqman技术、分子信标法和/或变性高效液相色谱法。

本发明又涉及一种CYP2E1基因第七号外显子的单核苷酸多态性的检测方法的应用，其特征在于，用于评估个体患CYP2E1基因的第七号外显子相关疾病的易感性，用于研究我国人群中CYP2E1基因多态性与临床用药安全的关系，用于新药的研究开发。

本发明还涉及一种分离核酸，它具有SEQ ID NO：1所示的序列，且第1009位为T。

本发明进一步涉及一种等位基因特异性的核酸引物，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并扩增出含人CYP2E1基因第七号外显子的SEQ ID NO：1所示序列的第1009位的单核苷酸多态性的扩增产物。

本发明所述的“分离纯化”是指在基因组DNA水平上，利用引物对来扩增每个多态性位点的基因序列和利用纯化试剂盒对扩增产物进行提纯。

用于本发明的测试样品没有特别限制，对于检测SNP而言，可以是从血液、组织等样品中抽提出的DNA或mRNA。对于CYP2E1基因的第七号外显子活性而言，可以任何含有CYP2E1基因的第七号外显子的样品，如血液等。

本发明“分离出的或纯化的”是指在基因组DNA水平上，利用引物对来扩增多态性位点的基因序列和利用纯化试剂盒对扩增产物进行提纯。通过对所取样品CYP2E1基因测序结果，在汕头中发现了1个样品含有CYP2E1基因的第七号外显子SNP(即第C1009→T)。本发明为研究我国人群中CYP2E1基因多态性与临床用药安全的关系奠定了基础，为药物设计和临床用药个体化提供了基因学理论根据，同时也为基于药物基因组学理念的新药研发提供指导依据，具有重大的理论意义和潜在的实用价值。

具体实施方式