[发明专利]一种染色体8q24区段多态性检测特异性引物和液相芯片

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种染色体8q24区段检测特异性引物和液相芯片。

背景技术

全基因组关联研究发现，染色体8q24区段的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms，SNPs)与前列腺癌、结肠癌和乳腺癌等多种肿瘤的遗传易感性相关。

目前，对染色体8q24区段的单核苷酸多态性进行检测、分析的方法很多，如：直接测序法、PCR-RFLP分析法、传统固相芯片等等，其中最常用的是PCR-RFLP分析法。PCR-RFLP法是基于基因突变造成的限制性内切酶识别位点的改变，如位点丢失或产生新位点，通过PCR扩增某一特定片段，再用限制性内切酶酶切扩增产物，电泳观察片段的大小，这种方法用于检测酶切位点改变的基因突变，可直接判断基因型，但该法不能用于没有产生新酶切位点的基因突变检测。再次，传统固相芯片因其重复性差不能满足实际应用的需要，而其它基于PCR技术的方法都存在着检测通量的局限性，每次只能检测一种突变类型，不能满足实际应用的需要。

本发明目标检测的染色体8q24区段突变位点，如表所示：

发明内容

本发明的目的之一是提供染色体8q24区段多态性检测液相芯片，该液相芯片可用于检测染色体8q24区段的11种常见多态性位点G83T、C140A、C160T、G99A、C202A、C296T、A125C、T119C、C149A、C193T和G201T的野生型和突变型。

一种染色体8q24区段多态性检测液相芯片，主要包括有：

A.针对染色体8q24区段的11种常见多态性位点分别设计的野生型和突变型特异性ASPE引物，每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端的针对目的基因多态性位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列分别选自：针对G83T的SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24、针对C140A的SEQ ID NO.25及SEQ ID NO.26、针对C160T的SEQ ID NO.27及SEQ ID NO.28、针对G99A的SEQ ID NO.29及SEQ ID NO.30、针对C202A的SEQID NO.31及SEQ ID NO.32、针对C296T的SEQ ID NO.33及SEQ ID NO.34、针对A125C的SEQID NO.35及SEQID NO.36、针对T119C的SEQ ID NO.37及SEQ ID NO.38、针对C149A的SEQ ID NO.39及SEQ ID NO.40、针对C193T的SEQ ID NO.41及SEQ ID NO.42、针对G201T的SEQ ID NO.43及SEQ ID NO.44中的一对以上；所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.22中的序列；

B.分别包被有特异的anti-tag序列的微球，所述anti-tag序列能相应地与A中所选tag序列互补配对，所述anti-tag序列选自SEQ ID NO.45～SEQ ID NO.66中的序列，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列，上述每种微球具有不同颜色编码；

C.用于扩增具有G83T、C140A、C160T、G99A、C202A、C296T、A125C、T119C、C149A、C193T和G201T的中的一个以上多态性位点目标序列的引物。

优选地，所述扩增引物为：针对G83T的SEQ ID NO.67和SEQ ID NO.68、针对C140A的SEQID NO.69和SEQ ID NO.70、针对C160T的SEQ ID NO.71和SEQ ID NO.72、针对G99A的SEQ ID NO.73和SEQ ID NO.74、针对C202A的SEQ ID NO.75和SEQ ID NO.76、针对C296T的SEQ ID NO.77和SEQ ID NO.78、针对A125C的SEQ ID NO.79和SEQ ID NO.80、针对T119C的SEQ ID NO.81和SEQID NO.82、针对C149A的SEQ ID NO.83和SEQ ID NO.84、针对C193T的SEQ ID NO.85和SEQ IDNO.86、针对G201T的SEQ ID NO.87和SEQ ID NO.88中的一对以上。