[发明专利]一种检测史密斯-马吉利综合征的基因芯片无效

专利信息
申请号: 201110204252.2 申请日: 2011-07-20
公开(公告)号: CN102888449A 公开(公告)日: 2013-01-23
发明(设计)人: 李笑天;贺林;郭奇桑;秦胜营;龚小会;吴茜 申请(专利权)人: 复旦大学附属妇产科医院
主分类号: C12Q1/68 分类号: C12Q1/68;C40B40/06
代理公司: 上海元一成知识产权代理事务所(普通合伙) 31268 代理人: 吴桂琴
地址: 200011 *** 国省代码: 上海;31
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摘要:
搜索关键词: 一种 检测 史密斯 吉利 综合征 基因芯片
【说明书】:

技术领域

发明属基因芯片领域,涉及一种检测史密斯-马吉利(Smith-Magenis)综合征综合症的基因芯片。

背景技术

Smith-Magenis综合症是一种能导致严重学习障碍和多动症以及异常型睡眠的先天性疾病,患者同时伴有l7号染色体p11.2区域的缺失。据报道,每25000名儿童中有一人患有先天Smith-Magenis综合症。当前,有科学家们怀疑Smith-Magenis可能是由于Perl基因缺失所致;所述的Perl基因位于l7号染色体缺失区域的外面,可能是附近一个基因缺失改变了表达Perl的途径,且破坏了Perl的周期,因此改变了患者的昼夜节律。此外,Smith-Magenis综合症的临床表现还包括自我伤害行为、痛阈低下,褪黑素分泌异常,喜将外物插入身体有孔部位,易怒等。Smith-Magenis综合症大多数为散发病例,少数为家族性遗传;大多数患者发生17p11.2杂合性缺失,典型缺失区间大小为3.5Mb左右。

目前,临床诊断Smith-Magenis综合症主要依据患者的特征性表现,患者痛阈、褪黑激素水平测定和神经行为检查均有助于临床诊断;此外,临床中还采用遗传学诊断来检测Smith-Magenis综合症,所述的遗传学诊断主要应用FISH技术特异性检测RAI1基因,其检出效率达到95-100%。但是,目前尚无一种快速、低成本、大通量和自动化检测Smith-Magenis综合症基因突变的方法。

比较基因组杂交(CGH)芯片分析技术是一种突破性技术,能支持研究人员通过微阵列准确研究与疾病有关的染色体的变化。所述的比较基因组杂交(CGH)芯片分析的原理是在一张芯片上用两份标记不同荧光素的样品(检测样品和对照样品)同时进行杂交,从而快速而又直观地检测实验样品和对照样品之间基因组DNA的拷贝数量的差异。CGH应用于疾病遗传学的研究,可提供一个全基因组的扫描图,提示样本DNA在整个染色体组的哪个特定位置存在扩增或缺失:在所述的发生扩增的区域,极有可能存在致病基因,而缺失区域即可能包含一些抑制基因。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术的缺陷和不足,提供一种检测检测史密斯-马吉利综合征综合症的基因芯片。

本发明所述的检测史密斯-马吉利(Smith-Magenis)综合症的基因芯片,其特征在于,包括片基和探针,所述的探针固定在片基上,

其中,所述的探针为SEQ ID NO.1-50所示的核苷酸序列;

所述的片基为载玻片、硅片、膜、高分子材料中的一种。

本发明中,所述的探针的编号及序列如表1所示,

表1

本发明中,所述的基因芯片又称DNA芯片、生物芯片,本发明的实施例中,将大量(通常每平方厘米点阵密度高于400)探针分子固定于支持物上后与标记的样品分子进行杂交,通过检测每个探针分子的杂交信号强度进而获取样品分子的数量和序列信息;具体而言,其测序原理是杂交测序方法,即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法,在一块基片表面固定了序列已知的八核苷酸的探针;当溶液中带有荧光标记的核酸序列,与基因芯片上对应位置的核酸探针产生互补匹配时,通过确定荧光强度最强的探针位置,获得一组序列完全互补的探针序列;据此可重组出靶核酸的序列;

所述的基因芯片技术由于同时将大量探针固定于支持物上,可一次性对样品大量序列进行检测和分析,解决了传统核酸印迹杂交(Southern Blotting和Northern Blotting等)技术操作繁杂、自动化程度低、操作序列数量少、检测效率低等不足;而且,通过设计不同的探针阵列、使用特定的分析方法可使该技术具有多种不同的应用价值,如基因表达谱测定、实变检测、多态性分析、基因组文库作图及杂交测序等。

本发明中,所述的基因芯片的制备方法,主要有原位合成法和点样法:其中,(1)原位合成法是基于组合化学的合成原理,通过一组定位模板来决定基片表面上不同化学单体的偶联位点和次序,把腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)、胸腺嘧啶(T)四种不同碱基的核苷酸按不同次序化学偶联在相应的位点,原位合成序列不同的寡核苷酸探针,形成DNA芯片;(2)点样法制备基因芯片首先按常规方法制备cDNA(或寡核苷酸)探针库,然后通过特殊的微喷头,分别把不同的探针溶液按照预先排定的顺序逐点点在片基表面,并通过物理和化学作用使探针固定于基片表面,探针片段除了可使用寡聚核苷酸探针,也可使用较长的基因片段以及核酸类似物探针(如PNA等);

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