[发明专利]一种HCV Core protein基因RT-PCR分型及检测方法

说明书

技术领域

本发明涉及一种HCV Core protein基因RT-PCR分型及检测方法，特别涉及可用于丙型肝炎筛查和丙型肝炎病毒分型的引物组合物。 

背景技术

丙型肝炎(hepatitis C；HC)是由丙型肝炎病毒(hepatitis C virus；HCV)感染而导致的一种复杂的病理过程。HC呈世界分布，目前全世界有近2亿人感染HCV，占世界人口的3％-5％。2003至2008年我国丙肝新报告的病例数以及与丙肝相关的肝癌发病率逐年增加，在法定报告的27种传染病中，其发病率由2004年的第十位上升至2008年第七位，目前我国约有丙肝患者4000万。 

HCV基因组长度约9.6kb，仅含有单个开放阅读框架(ORF)，编码一条长约3100个氨基酸残基的多聚蛋白前体。在宿主细胞和病毒蛋白酶的作用下，多蛋白被加工成至少10个成熟的HCV蛋白质：C、E1、E2、p7、NS2、NS3、NS4A、NS4B、NS5A和NS5B。HCV核心蛋白由191个氨基酸残基组成，与HCV RNA结合后形成病毒核心。 

目前，第四代抗-HCV检测试剂主要有C、NS3、NS4、NS5抗原片段。由于HCV极易变异，相应其所表达的蛋白也发生变化，在实际检测中会产生弱阳性和假阴性现象。 

发明内容

本发明的目的是提供一种HCV Core protein基因RT-PCR分型及检测方法。 

本发明提供的第一种引物组合物，可用于丙型肝炎患者辅助筛查，包括序列表的序列1所示DNA、序列表的序列2所示DNA、序列表的序列3所示DNA和序列表的序列4所示DNA。 

本发明提供的第二种引物组合物，由序列表的序列1所示DNA、序列表的序列2所示DNA、序列表的序列3所示DNA、序列表的序列4所示DNA、序列表的序列5所示DNA和序列表的序列6所示DNA组成；所述引物组合物的用途为如下(a)或(b)：(a)丙型肝炎患者辅助筛查；(b)丙型肝炎病毒辅助分型。 

本发明提供的第三种引物组合物，由序列表的序列1所示DNA、序列表的序列2所示DNA、序列表的序列5所示DNA和序列表的序列6所示DNA组成；所述引物组合物的用途为如下(a)或(b)：(a)丙型肝炎患者辅助筛查；(b)丙型肝炎病毒辅助分型。 

所述第一种引物组合物、所述第二种引物组合物或所述第三种引物组合物可用于制备丙型肝炎患者辅助筛查的试剂盒。 

所述第二种引物组合物或所述第三组引物组合物可用于制备丙型肝炎病毒辅助分 型的试剂盒。 

本发明还保护一种丙型肝炎患者辅助筛查的试剂盒，包括所述第一种引物组合物、所述第二种引物组合物或所述第三种引物组合物。 

本发明还保护一种丙型肝炎病毒辅助分型的试剂盒，包括所述第二种引物组合物或所述第三种引物组合物。 

本发明还保护一种丙型肝炎病毒辅助分型的方法，包括如下步骤： 

(1)以待测丙型肝炎病毒的总RNA为模板，用引物对甲进行RT-PCR扩增，得到扩增产物；所述引物对甲为序列表的序列1所示DNA和序列表的序列2所示DNA组成的引物对； 

(2)以步骤(1)的扩增产物为模板，用引物对乙进行PCR扩增，得到扩增产物；所述引物对乙为序列表的序列3所示DNA和序列表的序列4所示DNA组成的引物对； 

(3)将步骤(2)的扩增产物进行测序，根据测序结果进行分型；所述测序所用的引物为引物对丙；所述引物对丙为序列表的序列5所示DNA和序列表的序列6所示DNA组成的引物对。 

所述步骤(2)中，所述扩增产物具体可为450bp。 

本发明还保护另一种丙型肝炎病毒辅助分型的方法，包括如下步骤： 

(1)以待测丙型肝炎病毒的总RNA为模板，用所述引物对甲进行RT-PCR扩增，得到扩增产物； 

(2)以步骤(1)的扩增产物为模板，用所述引物对丙进行PCR扩增，得到扩增产物； 

(3)将步骤(2)的扩增产物进行测序，根据测序结果进行分型；所述测序所用的引物为所述引物对丙。 

所述丙型肝炎病毒具体可为1b型、1a型、6a型、3a型或2a型。