[发明专利]用于构建测序文库的系统与方法有效

专利信息
申请号: 201110222952.4 申请日: 2011-08-04
公开(公告)号: CN102296065A 公开(公告)日: 2011-12-28
发明(设计)人: 盛司潼 申请(专利权)人: 盛司潼
主分类号: C12N15/11 分类号: C12N15/11;C12N15/10;C12Q1/68;C40B50/06
代理公司: 暂无信息 代理人: 暂无信息
地址: 518057 广东省深圳市南山区*** 国省代码: 广东;44
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摘要:
搜索关键词: 用于 构建 序文 系统 方法
【权利要求书】:

1.一种用于构建测序文库的接头元件,其特征在于,所述接头元件是从5’到3’端依次包含分叉区和配对区的分叉型双链核酸接头;

所述分叉区的两条单链各包含至少一个扩增引物结合位点;

所述配对区包含至少一个酶切识别位点。

2.根据权利要求1所述的用于构建测序文库的接头元件,其特征在于,所述分叉区的每条链含有N个核苷酸,其中9≤N≤30。

3.根据权利要求1或2所述的用于构建测序文库的接头元件,其特征在于,所述配对区含有7~15对互补配对的核苷酸。

4.根据权利要求3所述的用于构建测序文库的接头元件,其特征在于,所述接头元件配对区的3’末端为突出末端或平末端。

5.根据权利要求4所述的用于构建测序文库的接头元件,其特征在于,所述接头元件配对区的3’末端为突出末端,且突出末端最后一个碱基为T。

6.根据权利要求4所述的用于构建测序文库的接头元件,其特征在于,所述接头元件配对区的3’末端为平末端,且3’末端最后一个核苷酸为带有双脱氧碱基的核苷酸。

7.一种构建测序文库的方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:

A.对源DNA进行片段化处理,以产生目的DNA片段;

B.目的DNA片段两端连上所述权利要求1至6的任一接头元件形成接头元件-DNA复合物,加入扩增引物进行扩增,得到扩增产物;

C.对扩增产物进行富集回收,形成测序文库。

8.根据权利要求7所述的构建测序文库的方法,其特征在于,所述步骤A之后还包括所述目的DNA片段的分离纯化和末端修饰步骤。

9.根据权利要求7所述的构建测序文库的方法,其特征在于,步骤B中所述扩增引物采用聚合酶链式反应引物,或带有RNA转录酶初始序列的转录引物。

10.根据权利要求9所述的构建测序文库的方法,其特征在于,步骤B所述扩增引物是生物素化的引物。

11.根据权利要求9所述的构建测序文库的方法,其特征在于:

若扩增引物是聚合酶链反应引物,则后续利用聚合酶链反应进行扩增;

若扩增引物是带有RNA转录酶初始序列的转录引物,则后续利用转录法进行扩增。

12.根据权利要求10所述的构建测序文库的方法,其特征在于,步骤C所述扩增产物的富集回收利用亲和素或链霉亲和素修饰的磁珠进行。

13.一种构建测序文库的方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:

A.对源DNA进行片段化处理,以产生目的DNA片段;

B.目的DNA片段两端连上第一接头元件形成接头元件-DNA复合物,加入扩增引物进行扩增,得到扩增产物;

C.酶切扩增产物得到酶切产物,环化酶切产物得到环化产物;

D.酶切环化产物得到DNA构建物;

E.在DNA构建物两端连接第二接头元件形成配对末端片段;

F.解旋形成单链,得到配对末端测序文库。

14.根据权利要求13所述的构建测序文库的方法,其特征在于,所述片段化处理步骤之后还包括目的DNA片段的分离纯化及末端修饰步骤。

15.根据权利要求13所述的构建测序文库的方法,其特征在于,步骤B所述扩增引物是生物素化的扩增引物。

16.根据权利要求13所述的构建测序文库的方法,其特征在于,所述扩增引物上带有至少一个特异性酶切识别位点。

17.根据权利要求16所述的构建测序文库的方法,其特征在于:

若扩增引物上所带的特异性酶切识别位点是尿嘧啶碱基,则步骤C利用尿嘧啶特异性切除试剂进行酶切;

若扩增引物所带特异性酶切识别位点为限制性内切酶识别位点,则步骤C利用相应的限制性内切酶进行酶切。

18.根据权利要求13所述的构建测序文库的方法,其特征在于,步骤D中利用能够识别接头元件上的酶切识别位点,切割目的DNA片段但不切割接头元件的II类限制性内切酶进行酶切环化产物,从而得到接头元件两端连接有目的DNA片段末端的DNA构建物。

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