[发明专利]用于构建测序文库的系统与方法有效
申请号: | 201110222952.4 | 申请日: | 2011-08-04 |
公开(公告)号: | CN102296065A | 公开(公告)日: | 2011-12-28 |
发明(设计)人: | 盛司潼 | 申请(专利权)人: | 盛司潼 |
主分类号: | C12N15/11 | 分类号: | C12N15/11;C12N15/10;C12Q1/68;C40B50/06 |
代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
地址: | 518057 广东省深圳市南山区*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 用于 构建 序文 系统 方法 | ||
1.一种用于构建测序文库的接头元件,其特征在于,所述接头元件是从5’到3’端依次包含分叉区和配对区的分叉型双链核酸接头;
所述分叉区的两条单链各包含至少一个扩增引物结合位点;
所述配对区包含至少一个酶切识别位点。
2.根据权利要求1所述的用于构建测序文库的接头元件,其特征在于,所述分叉区的每条链含有N个核苷酸,其中9≤N≤30。
3.根据权利要求1或2所述的用于构建测序文库的接头元件,其特征在于,所述配对区含有7~15对互补配对的核苷酸。
4.根据权利要求3所述的用于构建测序文库的接头元件,其特征在于,所述接头元件配对区的3’末端为突出末端或平末端。
5.根据权利要求4所述的用于构建测序文库的接头元件,其特征在于,所述接头元件配对区的3’末端为突出末端,且突出末端最后一个碱基为T。
6.根据权利要求4所述的用于构建测序文库的接头元件,其特征在于,所述接头元件配对区的3’末端为平末端,且3’末端最后一个核苷酸为带有双脱氧碱基的核苷酸。
7.一种构建测序文库的方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:
A.对源DNA进行片段化处理,以产生目的DNA片段;
B.目的DNA片段两端连上所述权利要求1至6的任一接头元件形成接头元件-DNA复合物,加入扩增引物进行扩增,得到扩增产物;
C.对扩增产物进行富集回收,形成测序文库。
8.根据权利要求7所述的构建测序文库的方法,其特征在于,所述步骤A之后还包括所述目的DNA片段的分离纯化和末端修饰步骤。
9.根据权利要求7所述的构建测序文库的方法,其特征在于,步骤B中所述扩增引物采用聚合酶链式反应引物,或带有RNA转录酶初始序列的转录引物。
10.根据权利要求9所述的构建测序文库的方法,其特征在于,步骤B所述扩增引物是生物素化的引物。
11.根据权利要求9所述的构建测序文库的方法,其特征在于:
若扩增引物是聚合酶链反应引物,则后续利用聚合酶链反应进行扩增;
若扩增引物是带有RNA转录酶初始序列的转录引物,则后续利用转录法进行扩增。
12.根据权利要求10所述的构建测序文库的方法,其特征在于,步骤C所述扩增产物的富集回收利用亲和素或链霉亲和素修饰的磁珠进行。
13.一种构建测序文库的方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:
A.对源DNA进行片段化处理,以产生目的DNA片段;
B.目的DNA片段两端连上第一接头元件形成接头元件-DNA复合物,加入扩增引物进行扩增,得到扩增产物;
C.酶切扩增产物得到酶切产物,环化酶切产物得到环化产物;
D.酶切环化产物得到DNA构建物;
E.在DNA构建物两端连接第二接头元件形成配对末端片段;
F.解旋形成单链,得到配对末端测序文库。
14.根据权利要求13所述的构建测序文库的方法,其特征在于,所述片段化处理步骤之后还包括目的DNA片段的分离纯化及末端修饰步骤。
15.根据权利要求13所述的构建测序文库的方法,其特征在于,步骤B所述扩增引物是生物素化的扩增引物。
16.根据权利要求13所述的构建测序文库的方法,其特征在于,所述扩增引物上带有至少一个特异性酶切识别位点。
17.根据权利要求16所述的构建测序文库的方法,其特征在于:
若扩增引物上所带的特异性酶切识别位点是尿嘧啶碱基,则步骤C利用尿嘧啶特异性切除试剂进行酶切;
若扩增引物所带特异性酶切识别位点为限制性内切酶识别位点,则步骤C利用相应的限制性内切酶进行酶切。
18.根据权利要求13所述的构建测序文库的方法,其特征在于,步骤D中利用能够识别接头元件上的酶切识别位点,切割目的DNA片段但不切割接头元件的II类限制性内切酶进行酶切环化产物,从而得到接头元件两端连接有目的DNA片段末端的DNA构建物。
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