[发明专利]利用基因表达分布图识别、监控和治疗疾病以及鉴定生物学状态

说明书

本申请是2002年11月8日提交的题目为“利用基因表达分布图识别、监控和治疗疾病以及鉴定生物学状态”的中国专利申请02826908.X(对应国际申请PCT/US02/36084)的分案申请。

技术领域和背景技术

本发明涉及基因表达数据的应用，具体的涉及基因表达数据在识别，监控和治疗受试者的疾病以及鉴定受试者的生物学状态方面的应用。

现有技术已经利用基因表达数据来测定特定标记如特定状态的诊断的存在或缺乏，且在一些情况下已经描述了特定疾病标记的过量表达的得分的累积来提高诊断的精确度或灵敏度。特定患者任意状态的信息以及患者对治疗因子或营养因子类型和剂量的应答在今天已经成为临床医学的重要问题，不但在保健工业的医疗实践的效率方面而且提高了患者的结果和受益。

发明的概述

在第一个实施方案中，提供了一种基于来自受试者的样品评价受试者的生物学状态的方法。所述方法包括：从样品获得一个分布数据集，分布数据集包括一组元素，每个元素是在一组组分中的不同RNA或蛋白组分的定量测定的值，其中组分的选择基于使得组分的测定能够评价生物学状态；在获得分布数据集的过程中在大体上可重复的测量条件下对每个组分进行测定。

在有关的实施方案中，提供了一种基于来自受试者样品显示受试者状态，如生物学状态的指标。此实施方案包括：

从样品获得一个分布数据集，分布数据集包括多个元素，每个元素是在一组组分中的不同RNA或蛋白组分的定量测定的值，其中组分的选择基于使得组分的测定能够评价生物学状态；以及

在获得分布数据集的过程中，在大体上可重复的测量条件下对每个组分进行这种测定；并

将分布数据集的值应用到指标函数中提供了分布数据集的实例到生物学状况的单值测定的映象，来生成对应于受试者的生物学状况的指标。在另一个与上述相关的实施方案中，还包括，在所有组分扩增的特异性和效率大体上是类似的测定条件下从分布图数据系列获得针对每个组分的测定。类似的另一个实施方案可选择地或另外包括，在所有组分扩增的特异性和效率大体上是类似的测定条件下，从分布图数据系列获得获得针对每个组分的测定。

在另一个涉及提供指标的实施方案中，也包括提供指标函数的标准值，其通过相应的群体进行测定，使得指标相关于标准值进行解释。可选择地提供标准值包括建立指标函数使得标准值为大约1。同样选择性地，相应的群体具有至少年龄组，性别，种族，地理位置，饮食习惯，药物紊乱，临床指标，药物处理，身体活动，体重和环境接触之一的共同特性。

在另一个相关的实施方案中，扩增的效率表示为所有组分的百分比，在大约2％的范围内，且选择性地，大约1％。

另一个相关的实施方案中，测定条件是可重复的使得每一组分的测定针对样品测定的重复获得具有一个离差系数，其小于大约3％。

在进一步的实施方案中，该小组包括至少三个组分且可选择地少于大约500个组分。

在另一个实施方案中，被评价的生物学状态是关于受试者的局部组织的且样品获自组织或局部组织的不同类型的液体。

在相关的实施方案中，生物学状态可以是通过相应基因表达组的相应组分进行测定的任意在表1到12中鉴定的状态。每一情况下的组包括至少两个，且选择性地至少三个，四个，五个，六个，七个，八个，九个或十个相应的基因表达组的组分。

在另一个实施方案中，提供了一种基于来自受试者的样品显示受试者炎症状态的指标的方法，包括：从样品获得第一分布数据集，第一分布数据集包括很多的元素，每一元素是一组组分的不同RNA或蛋白组分的量的定量测定，组包括至少两个表1的炎症基因表达组的组分；(尽管在其它实施方案中，至少三个，四个，五个，六个或十个表1的组的组分可被应用在一组中)其中，在获得第一个分布数据集的过程中，在所有组分扩增的特异性和效率大体上类似以及在大体上可重复的条件下针对每一组分进行测定；以及将来自第一分布数据集的值应用到指标函数中，所述指标函数提供了从分布数据集的实例得到生物学状态(在一个实施方案中，可以是一种炎症状态)一个单值测定的映象，使得产生与样品或受试者的生物学状态相对应的指标。生物学状态可以是利用合适的基因表达组可进行评价的任何状态；利用炎症基因表达组进行的炎症程度的测定仅仅是一个实例。