[发明专利]基于颜色的环介导等温扩增技术检测HPV6,11,16,18,52,58

说明书

发明领域

本发明是用基于HNB颜色的环介导逆转录等温扩增技术检测中国人常见的6种乳头瘤病毒(HPV)E6，E7或L1基因。用于各级疾病预防控制机构，HPV检测网络实验室，哨点医院对中国人常见的6种HPV的检测和监测。

发明背景

宫颈癌在世界妇女癌症中居第二位，全球每年新增病例49.3万，每年死于宫颈癌的妇女约27万。其中99％宫颈癌的发生与乳头瘤病毒感染有关。HPV划分为低危型和高危型。LR-HPV感染会引起人类良性肿瘤和生殖器疣，HR-HPV感染则是引起宫颈癌的主要原因。中国人常见低危型为6型和11型，常见高危型为16型，18型，52型和58型。

为有效提高我国宫颈普查的质量以及控制我国宫颈癌的发病率，必须扩大监测网络的覆盖范围，将网络实验室扩大到整个地市一级。目标是使全国300多个地市都具备能够进行宫颈筛查的能力，切实做到早发现、早报告、早治疗。本课题拟建立的基于颜色的可视化LAMP检测中国人常见HPV的方法，具有快速、灵敏和简单操作的特点，无需PCR仪器，无需电泳设备，将为提高我国疾病监测网络实验室和哨点医院对中国人常见HPV的监测能力，实现对HPV感染者的快速筛查提供了有力的技术保障。

基于颜色的LAMP技术在DNA病毒的检测方面应该有着传统基因诊断方法无法比拟的优势，与一些常规的基因检测手段相比，该技术在可操作性和检测时间及设备要求方面具有更大的优势。这主要体现在以下几个方面。首先，它的检测时间可以缩短到一小时以内，灵敏度可达到检测十个拷贝以上的病毒核酸分子。除了应用一些常用聚合酶外，对硬件设备基本无特殊要求，在普通的生物实验室就可完成这项检测工作。在试验实施中只需一步就可完成实验操作，减少了污染机会并方便了实验过程中的质控工作。第二，该技术省略了单独的逆转录和巢式PCR的二次扩增步骤，加之扩增反应在63℃等温条件下进行，没有核酸的变复性过程，不但节省了大量的时间又减少了扩增核酸的污染机会。第三，扩增反应只有在六条引物完全与识别的靶序列中八个结合区匹配的情况下才能顺利进行，所有这些特性都在很大程度上减少了扩增反应的背景，从而使检测特异性得到改善。第四，LAMP的扩增反应中可以形成可视的焦磷酸镁白色沉淀，HNB染料在扩增前加入，因此肉眼也可观察到阳性反应管中的白色混浊物和反应管内颜色的变化，可以直接判定检测结果。

发明内容

1.本发明是对目前对中国人常见6种HPV检测技术手段的改进和补充，它具有安全、特异、灵敏、便捷的优势。这主要体现在以下几个方面。首先，扩增反应只有在六条引物完全与识别的靶序列中八个结合区匹配的情况下才能顺利进行，所有这些特性都在很大程度上减少了扩增反应的背景，从而使检测特异性得到改善。第二，该技术省略了单独的逆转录和巢式PCR的二次扩增步骤，只需一步就可完成实验操作，没有核酸的变复性过程，减少了扩增核酸的污染机会，提高了检测的敏感性和安全性。第三，所有的扩增过程都可在63℃同温下完成，无需PCR仪，降低了对实验硬件的要求，由于HNB染料在扩增前加入，可以肉眼直接判定检测结果，无需电泳。第四，较PCR缩短了检测所需的时间。

2.分别选择HPV6，HPV11，HPV16，HPV18，HPV52，HPV58型的E6，E6，E7，L1，E6，L1基因的相对保守区设计相应的LAMP引物，其中包括两条外引物(F3、B3)和两条内引物(FIP、BIP)，两条环结合引物(LF、LB)。所有引物的具体序列见表1。

表1：LAMP检测中国人群中6种常见HPV亚型的核苷酸引物序列表