[发明专利]一种快速检测IL28B SNP rs12979860多态性的试剂盒

说明书

技术领域

本发明属于生物技术领域，涉及一种快速检测IL28B SNP rs12979860多态性的试剂盒，用于预测丙型肝炎患者抗病毒治疗效果。 

背景技术

丙型肝炎(Hepatitis C infection)是严重危害人类健康的感染性疾病，其流行呈世界性分布。据WHO统计数据，全球约有1.4亿-1.7亿丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus，HCV)感染者。我国HCV的感染率约为3.2％，约3800万HCV感染者，每年新发丙型肝炎病例约3.5万例。 

以往的研究表明，丙型肝炎的治疗方式与治疗效果与病毒基因型密切相关，基因型1和基因型4的患者使用聚乙二醇干扰素、利巴韦林(PegIFN/RBV)联合治疗48周；基因型2和基因型3的患者使用聚乙二醇干扰素、利巴韦林联合治疗24周。新近的研究表明，除了病毒方面的因素(基因型、HCV RNA水平)外，患者自身的因素也能对抗病毒治疗效果进行预测，其中IL28B多态性是一个重要的预测因子(Manns and others，2001)。 

IL28B基因位于第19号染色体短臂(19q13)，编码干扰素λ(IFN-λ-3)参与抗病毒免疫反应，IL28B能刺激干扰素释放，增加细胞毒性T淋巴细胞的数量。通过全基因组相关性研究(GWAS)发现，IL28B基因附近的SNP rs12979860多态性与聚乙二醇干扰素、利巴韦林联合治疗的效果显著相关，在HCV基因型1和4的患者中，IL28B保护性变异即SNP rs12979860CC型患者获得的持续病毒反应(SVR)比TT型高2倍；在HCV基因型2和3型的丙型肝炎患者中SVR变化较小(Lange and Zeuzem，2011)。在欧美人群中，IL28B rs12979860CC型比CT或TT型丙型肝炎患者的病毒清除率高2-3倍之多(Thomas DL，2009)。在汉族人群中也发现，CC型比非CC型丙型肝炎患者获得显著增高的持续病毒反应与治疗终末反应(ETR)(Liao XW，2011)。IL28B基因多态性是目前为止GWAS发现用于个性化临床治疗的最好典范之一(Maxmen，2011)。IL28B rs12979860多态性检测还可用于肝移植前的供体筛查，复发性丙型肝炎患者的管理。 

在丙型肝炎临床治疗中，快速病毒反应(RVR)是评价疗效的重要指标，在 不能获得快速病毒反应的患者中，IL28B rs12979860CC型患者较非CC型患者更易获得持续病毒反应(Clark and others，2011)，充分表明CC型是所谓的“保护型”。综合大量临床研究的结果，在丙型肝炎抗病毒治疗的宿主和病毒多种影响因素中，IL28B多态性是预测持续病毒反应的最有效因子。在抗病毒治疗前，对患者进行IL28B多态性检测，确定IL28B rs12979860基因型将极大地有助于临床医生选择治疗方案，如选择抗病毒药物的种类和决定治疗持续时间。 

目前可用于SNP多态性检测的方法有限制性片段长度多态性、荧光定量PCR、基因测序法等。限制性片段长度多态性技术相对简单，但是酶切位点易受基因变异影响，影响结果判断；荧光定量PCR和基因测序法成本高，不易临床推广；普通PCR操作简便，成本低廉，便于临床推广使用。 

因此，有必要选择一种简便快速的方法检测IL28B rs12979860多态性，指导临床治疗，预测丙型肝炎抗病毒治疗效果。我们根据IL28B rs12979860多态性存在CC，CT，TT的三种形式，针对SNP位点设计特异性引物，进行普通PCR反应，通过反应产物的“有或无”来判断待测样品属于哪一种多态性形式。 

目前尚无文献报道利用普通PCR反应进行IL28B SNP rs12979860检测的试剂盒。 

发明内容

本发明所要解决的技术问题在于提供一种能快速、简便、敏感、特异的检测IL28B SNP rs12979860多态性的试剂盒，用以预测丙型肝炎患者抗病毒治疗效果。 

本发明的试剂盒利用普通PCR技术，包含：人外周血基因组提取试剂、阴性对照和阳性对照、PCR反应液，还包含IL28B TT基因型扩增引物和CC基因型扩增引物，以及内部参照基因扩增引物， 

TT基因型上游扩增引物序列为： 

5′-TCGCCAGGGCCCCTAACCTC-3′ 

TT基因型下游扩增引物序列为： 

5’-GGAGTGCAATTCAACCCTGGTTCA-3’ 

CC基因型上游扩增引物序列为：