[发明专利]一种CDKN2A基因突变检测特异性引物和液相芯片

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种CDKN2A基因突变检测特异性引物和液相芯片。

背景技术

细胞周期依赖性激酶抑制基因(cyclin-dependent kinase inhibitor，CDKN2A)，是一种重要的抑癌基因，属于细胞周期依赖性激酶抑制因子基因家族，具有调节细胞增殖与凋亡的作用。

人CDKN2A定位于染色体9p21，编码两种不同的抑癌蛋白，一是细胞周期依赖性激酶抑制蛋白p16 INK4a，由外显子1α、2和3编码；另一个为其可变读框基因(alterative reading frame，ARF)p14ARF产物，由外显子1β、2和3编码，因此，CDKN2A基因又称INK4a-ARF基因，抑癌基因CDKN2A编码的周期抑制蛋白p16INK4a和p14ARF具有重要的细胞周期调控作用，CDKN2A基因的变异是肿瘤发生及进展过程中的常见现象。

目前，对CDKN2A基因突变进行检测和分析的方法很少，主要有直接测序法和PCR-RFLP分析法，其中最常用的方法有PCR-RFLP分析法。PCR-RFLP法是基于基因突变造成的限制性内切酶识别位点的改变，如位点丢失或产生新位点，通过PCR扩增某一特定片段，再用限制性内切酶酶切扩增产物，电泳观察片段的大小，这种方法用于检测酶切位点改变的基因突变，可直接判断基因型，但该法不能用于没有产生新酶切位点的基因突变检测。再次，以上这些方法都存在着检测通量的局限性，每次只能检测一种突变类型，不能满足实际应用的需要。

发明内容

本发明的目的之一是提供CDKN2A基因突变检测液相芯片，该液相芯片可用于单独或并行检测CDKN2A基因10种常见基因型G128T、C143T、T281A、G322A/C/T、G329A、G330A、C341T和G358T的野生型和突变型。

实现上述目的的技术方案如下：

一种CDKN2A基因突变检测液相芯片，包括有：

(A).针对CDKN2A基因不同突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物：每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为：针对G128T位点的SEQ ID NO.19及SEQ ID NO.20；针对C143T位点的SEQ ID NO.21及SEQ ID NO.22；针对T281A位点的SEQ ID NO.23及SEQ ID NO.24；针对G322A/C/T位点的SEQ ID NO.25以及SEQ ID NO.26、SEQ ID NO.27和SEQ ID NO.28中的一种以上；针对G329A位点的SEQ ID NO.29及SEQ ID NO.30；针对G330A位点的SEQ ID NO.31及SEQ ID NO.32；针对C341T位点的SEQ ID NO.33及SEQ ID NO.34；和/或针对G358T位点的SEQ ID NO.35及SEQ ID NO.36；所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.18；

(B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO.37～SEQ ID NO.54，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；

(C).用于扩增出需要检测的、具有相应突变位点的目标序列的引物。

优选地，所述扩增引物为针对G128T和/或C143T位点的SEQ ID NO.55及SEQ ID NO.56；和/或针对T281A、G322A/C/T、G329A、G330A、C341T、G358T位点的SEQ ID NO.57及SEQID NO.58。