[发明专利]核酸扩增反应设备、方法及用于核酸扩增反应设备的基板

说明书

技术领域

本发明涉及核酸扩增反应设备、用于核酸扩增反应设备的基板以及核酸扩增反应方法，具体地，涉及一种包括用于将用作核酸扩增反应的反应场的反射区域内的侧光反射的反射部件的核酸扩增反应设备。

背景技术

扩增特定核酸的技术，例如聚合酶链反应(PCR)，被应用在生物技术的各个领域。通常，诸如PCR的核酸扩增反应需要检查目标核酸是否是被特异性扩增的步骤。例如，存在通过利用例如聚合酶的凝胶对用于诸如PCR的核酸扩增反应的反应液体进行凝胶电泳，然后对PCR扩增获得的DNA片段染色来进行检查的方法。

此外，例如下列相关技术方法也用作用于检查核酸扩增反应中的核酸扩增的方法：通过测量用于核酸扩增反应的反应液体的浑浊度来检查扩增的方法；使用包括与用作扩增对象的核酸特异性偶联的探针的微阵列的方法；以及通过使用与双链DNA偶联的荧光标记探针或与目标PCR产物特异性偶联的荧光标记探针实时检查扩增的实时PRC。

诸如PCR的核酸扩增反应还用于分析例如单核苷酸多态性(SNP)，并采用上述用于检查核酸扩增的方法。

已经提出了一种分析方法，即，通过使用于野生型的引物和一种或两种用于变异型的引物同时或分开地与DNA聚合酶一起作用于包括用作分析对象的SNP部位染色体或其片段上，以基于引物检查是否存在伸长，并且，电泳用作检查扩增的核酸的方法。

此外，已经提出了一种SNP分析方法，即，通过利用用于包括SNP部位的基准序列和用于变异型序列的两种特异性引物和通用引物来扩增目标序列部分，并通过对获得的反应液体进行电泳来检查是否存在扩增产物。然而，电泳花费太长的时间并且有污染影响。

另一方面，已经提出了一种通过使用分析对象基因组DNA和多对引物扩增包括SNP部位的核酸来进行分型的方法。利用用于获得的扩增产物的标记探针等，通过例如杂交进行该分型。

如果能快速简便地进行SNP分析，则例如能够实现在患者病床边等做出最佳的治疗方法、用药方法等的个性化医疗，并建立起符合要求的定点护理(POC)技术。为了这个目的，期望一种在核酸扩增反应后更加迅速简便地检查核酸扩增的方法。

对于利用标记有荧光物质的杂交探针检测核酸的方法，例如核酸量化法(实时PCR)以及用于检测诸如单核苷酸多态性(SNP)的变异体的方法(熔解曲线分析)是已知的。

其荧光强度在杂交状态(也包括杂交后被切断的状态)和游离状态之间变化的探针用作这些方法中所使用的荧光标记杂交探针，并通过测量该变化来进行检测。这种探针的代表是使用荧光共振能量转移(FRET)的探针和TagMan^TM探针，而分子信标已知为这种探针的示例。

在使用FERT的探针中，需要使用两种荧光染料：报告基团染料和淬灭染料。这样，探针的设计就非常复杂。

因此，已知的是利用标记有荧光染料的核酸探针与目标核酸杂交时荧光染料的发出光减弱的现象并为了更容易地量化核酸而使用一种荧光染料的核酸探针(参照日本专利公开第2005-261354号和日本专利公开第2002-119291号)。此外，对于标记有350、488、568；以及Cy3的探针来说，还已知的是，在杂交标记探针时，一些情况下荧光染料的发出光增强(参照Marras SAE、Kramer FR和TyagiS.(2002)，Nucleic Acids Research，30，e122)。

下面的方法被认为是不使用电泳凝胶、诸如膜的支撑体以及标记物质的检测方法。

例如，已知的有，使偏振光穿过核酸扩增反应液体并测量旋光性和圆偏振光的二色性的方法(参照日本专利公开第2002-186481号)以及感测伸长的扩增产物的偏振光成分的变化的方法(参照日本专利公开第2002-171997号、日本专利公开第2002-171998号以及日本专利公开第2002-171999号)。

例如，已知的有，观察由于随着扩增反应的进行所产生的焦磷酸和镁导致的不溶物质的沉淀的方法(参照国际专利公开WO 01/83817说明书(brochure))。此外，已知的有，用含有氧化酶的酶反应试剂处理作为扩增产物的焦磷酸且氧化酶作用时发生的电子转移在电化学活性插入剂存在的情况下被扩增，从而被电化学检测为电流的方法(参照日本专利公开第2003-299号和日本专利公开第2003-47500号)。另外，已知的有，基于核酸扩增反应中脱氧核糖核苷三磷酸(dNTP)和焦磷酸间偶联能力的不同，通过金属指示剂感测反应液体中金属离子量的变化来检测是否存在核酸扩增的方法(日本专利公开第2004-283161号)。