[发明专利]一种利用测序技术分析猪乳腺组织基因表达差异的方法

说明书

技术领域

本发明属于动物基因工程技术领域，尤其涉及一种利用测序技术分析猪乳腺组织基因表达差异的方法。

背景技术

金华猪又称“金华两头乌”，是我国著名的优良猪种之一，金华猪具有成熟早，肉质好，繁殖率高等优良性能，腌制成的“金华火腿”质佳味香，外型美观，蜚声中外。产于浙江东阳、义乌、金华等地。体型中等，耳下垂，颈短粗，背微凹，臀倾斜、蹄质坚实。全身被毛中间白，头颈、臀尾黑。以早熟易肥、皮薄骨细、肉质优良、适于腌制火腿著称。金华猪的毛色遗传性比较稳定，以中间白、两头乌为特征，纯正的毛色在头顶部和臀部为黑皮黑毛，其余多处均为白皮白毛，在黑白交界中，有黑皮白毛呈带状的晕。金华猪性成熟早，遗传性稳定，繁殖力强。金华猪杂种优势良好，已被广泛用作杂交亲本。肉脂品质好，肌肉颜色鲜红，系水力强，细嫩多汁，富含肌肉脂肪。皮薄骨细，头小肢细，胴体中皮骨比例低，可食部分多。繁殖力高，平均每胎产仔可达14头以上，繁殖年限长，优良母猪高产性能可持续8-9年，终生产仔20胎左右，乳头数多，泌乳力强，母性好，仔猪哺育率高。适应性好，耐寒耐热能力强，耐粗饲，能适应我国大部分地区的气候环境，多次出口到日本、法国、加拿大、泰国等国家。

大约克猪原产于英国，是世界分布最广的瘦肉型猪代表品种。我国引入多年，由于其体形大，被毛全白，亦称为大白猪，在各地均有饲养，可作为第一母本或父本利用。具有生长速度快、饲料利用率高、胴体瘦肉率高、肉色好、产仔多、适应性强的优良特点.其体形高大，皮肤可有隐斑；头颈较长，面宽微凹，耳向前直立；体躯长，背腰平直或微弓，腹线平，胸宽深，后躯宽长丰满；有效乳头6对以上.成年公猪体重250-300千克，成年母猪体重230-250千克。通常利用的杂交方式是杜×长×大或杜×大×长，即用长白公(母)猪与大约克夏母(公)猪交配生产，杂一代母猪再用杜洛克公猪(终端父本)杂交生产商品猪。这是目前世界上比较好的配合。我国用大约克夏猪作父本与本地猪进行二元杂交或三元杂交，效果也很好。可在我国绝大部分地区饲养，较适宜集约化养猪场、规模猪场。 

随着新一代高通量测序技术的快速发展，建立在高通量测序基础上的转录组测序技术已成为目前从全基因组水平研究基因表达和转录组分析的重要手段. 转录水平的调控是生物体最主要的调控方式.在深度测序技术出现之前，高通量测定不同基因转录水平的主要手段是基因芯片，它可以对不同组织或不同发育阶段的基因表达差异和模式进行分析，而RNA-Seq技术最基本的应用也是检测基因的表达水平，它对同一样品深度测序可以捕获低表达的基因，而对大量样品同时测序可以获得样品之间的表达差异。与基因芯片数据比较，RNA测序得到的是数字化的表达信号，无需设计探针，能在全基因组范围内以单碱基分辨率检测和量化转录片段，具有灵敏度高、分辨率高和应用范围广等优势。除此之外，研究人员还可以获得转录本表达丰度、转录起始位点和可变剪切等重要信息。所以，建立在高通量测序基础上的转录组研究已经逐步取代基因芯片技术成为目前从全基因组水平研究基因表达的主流方法。Marioni et al.(2008)比较了转录组测序和传统Microarray芯片技术在分析基因表达水平上的各自表现，他们发现深度测序具有良好的可重复性，并且能发现更多的低表达的基因。Tang et al.(2009)等利用RNA-Seq对小鼠单个卵母细胞进行表达谱分析，与芯片技术相比，高通量测序可以多检测到75%的基因表达，并且有8%-19%的基因存在两种以上的转录形式。Pan et al .(2008)利用Solexa测序仪进行了人的转录组测序，首次利用新一代测序数据发现和检测了选择性剪切，而且还用测序数据估计了外显子。把高通量测序技术应用到由mRNA逆转录生成的cDNA上，从而获得来自不同际遇的mRNA片段在特定样本中的含量，这就是mRNA测序或mRNA-seq。同样原理，各种类型的转录本都可以用深度测序技术进行高通量定量检测，统称作RNA-seq或RNA 测序。

发明内容

本发明目的在于针对现有技术的不足，提供一种利用测序技术分析猪乳腺组织基因表达差异的方法。该方法通过制备金华猪和大约克猪乳腺组织的cDNA文库并进行转录组测序分析来研究其基因表达情况，并进行两不同样本的基因差异表达分析和差异基因GO分析。

本发明的目的是通过以下技术方案来实现的：一种利用测序技术分析猪乳腺组织基因表达差异的方法，该方法包括以下步骤：