[发明专利]一种土曲霉基因组规模代谢网络模型及其构建方法无效
申请号: | 201110419312.2 | 申请日: | 2011-12-15 |
公开(公告)号: | CN102495976A | 公开(公告)日: | 2012-06-13 |
发明(设计)人: | 刘立明;刘杰;高倩;陈坚 | 申请(专利权)人: | 江南大学 |
主分类号: | G06F19/12 | 分类号: | G06F19/12 |
代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
地址: | 214122 江苏省无锡市*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 曲霉 基因组 规模 代谢 网络 模型 及其 构建 方法 | ||
1.一种土曲霉基因组规模代谢网络模型的构建方法,其特征在于:根据生物系统发生树下亲缘微生物蛋白功能相似性,构建目的微生物基因组规模代谢网络模型。
2.根据权利要求1所述,其涉及的生物系统发生树来源于美国国家生物技术信息中心。
3.根据权利要求1所述,其涉及的蛋白由编码基因编码合成。
4.根据权利要求1和3所述,其涉及的蛋白至少包含目的微生物细胞中的一个酶或膜转运蛋白。
5.根据权利要求1所述,其蛋白功能相似性由美国国家生物技术信息中心的Blastp比对工具获得。
6.根据权利要求1和5所述,筛选功能相似性大于或等于40%的蛋白序列用于基因组规模代谢网络模型构建。
7.根据权利要求1的方法,基因组规模代谢网络模型构建的步骤包括:
①比对菌模型的统一;
②提取比对菌模型中与权利要求6所筛选的蛋白序列适配的反应信息,构建临时模型;
③整合临时模型,获得目的微生物的基因组规模代谢网络模型。
8.根据权利要求7所述,步骤①中所述比对菌为Aspergillus niger,Aspergillus oryzae RIB40。
9.根据权利要求1、4和7所述,其中涉及的目的微生物为Aspergillus terreus NIH2624。
10.根据权利1、7所述,其中涉及的土曲霉基因组规模代谢网络模型。
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