[发明专利]一种土曲霉基因组规模代谢网络模型及其构建方法无效

专利信息
申请号: 201110419312.2 申请日: 2011-12-15
公开(公告)号: CN102495976A 公开(公告)日: 2012-06-13
发明(设计)人: 刘立明;刘杰;高倩;陈坚 申请(专利权)人: 江南大学
主分类号: G06F19/12 分类号: G06F19/12
代理公司: 暂无信息 代理人: 暂无信息
地址: 214122 江苏省无锡市*** 国省代码: 江苏;32
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摘要:
搜索关键词: 一种 曲霉 基因组 规模 代谢 网络 模型 及其 构建 方法
【权利要求书】:

1.一种土曲霉基因组规模代谢网络模型的构建方法,其特征在于:根据生物系统发生树下亲缘微生物蛋白功能相似性,构建目的微生物基因组规模代谢网络模型。

2.根据权利要求1所述,其涉及的生物系统发生树来源于美国国家生物技术信息中心。

3.根据权利要求1所述,其涉及的蛋白由编码基因编码合成。

4.根据权利要求1和3所述,其涉及的蛋白至少包含目的微生物细胞中的一个酶或膜转运蛋白。

5.根据权利要求1所述,其蛋白功能相似性由美国国家生物技术信息中心的Blastp比对工具获得。

6.根据权利要求1和5所述,筛选功能相似性大于或等于40%的蛋白序列用于基因组规模代谢网络模型构建。

7.根据权利要求1的方法,基因组规模代谢网络模型构建的步骤包括:

①比对菌模型的统一;

②提取比对菌模型中与权利要求6所筛选的蛋白序列适配的反应信息,构建临时模型;

③整合临时模型,获得目的微生物的基因组规模代谢网络模型。

8.根据权利要求7所述,步骤①中所述比对菌为Aspergillus niger,Aspergillus oryzae RIB40。

9.根据权利要求1、4和7所述,其中涉及的目的微生物为Aspergillus terreus NIH2624。

10.根据权利1、7所述,其中涉及的土曲霉基因组规模代谢网络模型。 

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