[发明专利]人对氧磷酶2基因148位点G/A多态检测试剂盒

说明书

本申请是申请号为“200910227638.8”、申请日为2009年12月24日、发明名称为“鉴定人PON2基因多态性rs12026的方法”的发明专利申请的分案申请。

一、技术领域

本发明涉及鉴定单核苷酸多态性的方法。更具体地，本发明涉及鉴定人PON2基因多态性rs12026的方法。

二、背景技术

SNP(单核苷酸多态性)是指单个核苷酸的改变引起的DNA序列变异，包括单碱基的置换、插入和缺失等形式。SNP现已广泛用于简单和复杂疾病的遗传连锁分析、关联分析及疾病易感基因的定位，指导易感基因克隆。聚合酶链式反应-限制性片断长度多态(PCR-RFLP)技术是一种快速、简便、准确、低成本检测SNP基因型的经典方法。该方法原理是：限制性内切酶是一类识别DNA特异位点(通常4～6bp)，并在特异位点进行切割的酶类。酶切位点的特异性意味着对特定DNA等位基因的完全消化会产生同样的片段序列。而碱基的替换或插入、缺失可以产生或消除一个特定酶切位点，从而改变酶切割后产生片段的大小和数目。这些酶切片段带型的不同称为限制性片段长度多态性。如果SNP产生和消除了某个限制性内切酶位点，则可以通过对PCR产物进行酶切、电泳加以检测。该方法主要优点在于操作简便，快速，终点判断准确。主要缺点在于酶切位点的选择，并不是所有的SNP位点都可以使用该方法来鉴别，且部分内切酶价格昂贵。

对氧磷酶(paraoxonase，PON)是由肝脏合成的一类与高密度脂蛋白结合的芳香醇。早在1953年就被发现，因其能水解神经毒杀虫剂对氧磷(paraoxon)而被命名为对氧磷酶。目前发现哺乳动物对氧磷酶基因家族有3个成员：PON1、PON2和PON3，它们具有结构同源性和相似的酶活性。这三个基因具有高度结构同源性，在氨基酸水平和核苷酸的水平上分别有大约65％和70％的同一性。

人PON2基因位于7号染色体，该基因第5外显子多态即C/G碱基变异可引起第148位氨基酸变异(Gly/Ala)，常记为G148A多态，该多态可能影响PON2的功能。美国国立卫生研究院国立医学图书馆生物信息技术中心(http://www.ncbi.nlm.nih.gov)可查阅PON2基因及其多态序列和相关信息，该多态在SNP数据库中编号为rs12026。因此，通常该多态在人群中存在三种PON2基因的基因型：GG型(人体基因组rs12026多态位点的两个等位基因碱基均为G)，CG型(人体基因组rs12026多态位点的两个等位基因碱基分别为C和G)和CC型(人体基因组rs12026多态位点的两个等位基因碱基均为C)。

目前人PON2基因多态rs12026的鉴定常采用PCR-RFLP方法。目前鉴定人PON2基因多态rs12026时常使用内切酶Fnu4HⅠ进行鉴定，，该内切酶的价格昂贵(关于部分内切酶的参考价格可以参考后面的表1)，影响了实验的费用，难以在实验室中普及使用。并且由于传统PCR-RFLP方法的固有缺陷，本领域技术人员通常难以选择其他限制性内切酶对人PON2基因多态rs12026进行鉴定。

因此，本领域存在对操作简单，成本低，使用范围广的新型检测SNP的方法的需求。

三、发明内容

本发明提供了一种操作简单，成本低，使用范围广的鉴定人PON2基因多态性rs12026的方法，其包括以下步骤：

a)提供待测人基因组DNA；

b)使用扩增人PON2基因多态性rs12026位点附近序列的正向引物和反向引物，以所述待测人基因组DNA为模板，进行PCR扩增反应，获得扩增产物；