[发明专利]一种蛋白质鉴定方法

权利要求书

1.一种基于EST序列的蛋白鉴定方法，步骤包括：

1)使蛋白质样品成多肽片段的混合物并进行质谱，产生质谱图；

2)将相应物种的EST序列数据根据密码子原则六框翻译成EST氨基酸序列，形成EST氨基酸序列库；

3)将上述质谱图相对于上述EST氨基酸序列库进行数据库搜索，对于每一张质谱图，如果有搜索结果，将搜索到的EST氨基酸序列组成一个组；

4)将同一组中的EST氨基酸序列对应的EST序列进行拼接，具有重叠部分的EST序列拼接成更长的大片段，经过拼接后该组EST序列变成拼接后的大片段和与不能拼接的单体；

5)将一组中的大片段和单体分别比对到蛋白质数据库，对每个大片段和单体挑选比对分值最高且大于第一阈值的蛋白质，确定该组对应于一个蛋白或几个蛋白，其中所述第一阈值是1e-5至1e-30；

6)若是一组里的大片段和单体若比对到不同蛋白，将大片段对应的蛋白与其他单体进行比对，若比对分值满足第二阈值，则认为该组代表所述大片段对应的蛋白，其中所述第二阈值是1e-10至1e-50；

7)仅代表的一个蛋白的组对相应质谱图被鉴定为该蛋白。

2.权利要求1的方法，其中所述蛋白质数据库是样品来自的物种的蛋白质数据库；与所述物种同属、同科、同目、同纲、同门、同界的蛋白质数据库。

3.一种基于蛋白质数据库和EST序列的蛋白鉴定方法，步骤包括：

1)使蛋白质样品成多肽片段的混合物并进行质谱，产生质谱图；

2)将相应物种的EST数据序列根据密码子原则六框翻译成EST氨基酸序列，形成EST氨基酸序列库；

3)将上述质谱图相对于第一蛋白质数据库进行数据库搜索，对于每一张质谱图，如果有搜索结果，搜索到的蛋白即为对该质谱图鉴定到的蛋白；

4)将其他质谱图相对于上述EST氨基酸序列库进行数据库搜索，对于每一张质谱图，如果有搜索结果，将搜索到的EST氨基酸序列组成一个组；

5)将同一组中的EST氨基酸序列对应的EST序列进行拼接，具有重叠部分的EST序列拼接成更长的大片段，经过拼接后该组EST序列变成拼接后的大片段和与不能拼接的单体；

6)将一组中的大片段和单体分别比对到第二蛋白质数据库，对每个大片段和单体挑选比对分值最大且大于第一阈值的蛋白质，确定该组对应于一个蛋白或几个蛋白，其中所述第一阈值是1e-5至1e-30；

7)若是一组里的大片段和单体若比对到不同蛋白，将大片段对应的蛋白与其他单体进行比对，若比对分值满足第二阈值，则认为该组代表所述大片段对应的蛋白，其中所述第二阈值是1e-10至1e-50；

8)仅代表的一个蛋白的组对相应质谱图被鉴定为该蛋白。

4.权利要求3的方法，其中所述第一蛋白质数据库是样品来自的物种蛋白质数据库，并且/或者其中所述第二蛋白质数据库是样品来自的物种的蛋白质数据库；与所述物种同属、同科、同目、同纲、同门、同界的蛋白质数据库。

5.权利要求1或3的方法，其中所述EST数据来自公共数据库或商业数据库。

6.权利要求1或3的方法，其中所述第一阈值是1e-10至1e-20，例如1e-15；并且/或者所述第二阈值是1e-20至1e-40，例如1e-30。

7.权利要求1或3的方法，其中所述比对通过软件BlastX进行。