[发明专利]利用关于基因组模型的数据集成的途径识别方法(PARADIGM)

权利要求书

1.产生动态途径图的方法，包括：

提供对储存多个途径元素的途径元素数据库的访问，每一途径元素表征为其参与至少一个途径，其中所述途径元素选自蛋白质和核酸；

提供对与所述途径元素数据库连接的修正引擎的访问；

利用所述修正引擎将第一途径元素与至少一个先验已知的属性关联；

利用所述修正引擎将第二途径元素与至少一个假定属性关联；

分别利用所述已知和假定属性，应用所述修正引擎交叉关联并指定至少一个途径的所述第一和第二途径元素的影响水平，以形成概率途径模型；和

利用所述概率途径模型通过分析引擎，从样本的多个元素的多个测量的属性导出所述动态途径图，其具有特定途径的参考途径活性信息，

其中所述已知属性选自化合物属性、种类属性、基因拷贝数、转录水平、翻译水平和蛋白质活性，其中所述假定属性选自化合物属性、种类属性、基因拷贝数、转录水平、翻译水平和蛋白质活性，其中所述测量的属性选自突变、差别遗传序列对象、基因拷贝数、转录水平、翻译水平、蛋白质活性和蛋白质相互作用,所述方法不用于疾病的诊断或治疗。

2.权利要求1所述的方法，其中所述途径在调节途径网络中。

3.权利要求2所述的方法，其中所述调节途径网络选自衰老途径网络、调亡途径网络、稳态途径网络、代谢途径网络、复制途径网络和免疫应答途径网络。

4.权利要求1所述的方法，其中所述途径选自在信号转导途径网络内和在不同的途径网络的网络内。

5.权利要求4所述的方法，其中所述信号转导途径网络选自钙/钙调蛋白依赖性信号转导途径网络、细胞因子介导的信号转导途径网络、趋化因子介导的信号转导途径网络、生长因子信号转导途径网络、激素信号转导途径网络、MAP激酶信号转导途径网络、磷酸酶介导的信号转导途径网络、Ras超家族介导的信号转导途径网络和转录因子介导的信号转导途径网络。

6.权利要求1所述的方法，其中所述蛋白质选自受体、激素结合蛋白、激酶、转录因子、甲基化酶、组蛋白乙酰酶和组蛋白脱乙酰酶。

7.权利要求1所述的方法，其中所述核酸选自蛋白质编码序列、基因组调节序列、调节RNA和反式激活序列。

8.权利要求1所述的方法，其中所述参考途径活性信息对于正常组织、患病组织、衰老组织或恢复组织是特异的。

9.产生动态途径图的方法，包括：

提供对存储概率途径模型的模型数据库的访问，所述概率途径模型包含多个途径元素，其中所述途径元素选自蛋白质和核酸；

其中，第一数目的所述多个途径元素被交叉关联并根据已知属性指定至少一个途径的影响水平；

其中，第二数目的所述多个途径元素被交叉关联，并根据假定属性指定至少一个途径的影响水平；和

利用样本的多个元素的多个测量的属性，通过分析引擎，修正所述概率途径模型，以获得所述动态途径图，其中所述动态途径图对于特定途径具有参考途径活性信息，

其中所述已知属性选自化合物属性、种类属性、基因拷贝数、转录水平、翻译水平和蛋白质活性,其中所述假定属性选自化合物属性、种类属性、基因拷贝数、转录水平、翻译水平和蛋白质活性,其中所述测量的属性选自突变、差别遗传序列对象、基因拷贝数、转录水平、翻译水平、蛋白质活性和蛋白质相互作用,

所述方法不用于疾病的诊断或治疗。

10.权利要求9所述的方法，其中所述途径在调节途径网络、信号转导途径网络、或者不同途径网络的网络内。

11.权利要求9所述的方法，其中所述途径元素是蛋白质，其选自受体、激素结合蛋白、激酶、转录因子、甲基化酶、组蛋白乙酰酶和组蛋白脱乙酰酶，或者是核酸，其选自基因组调节序列、调节RNA和反式激活序列。